ということで連続してPublish。

出国直前までやっていたメルシャンとの共同研究が論文になりました。

赤ワインといえば、レスベラトロール。

レスベラトロールといえば肥満！！

ということで、お得意の肥満ゼブラフィッシュ研究で赤ワイン・レスベラトロールの作用メカニズムを解明した仕事です。

でも、これには本当に苦労しました。

赤ワインを魚に「食べさせる」のですが、赤ワインを凍結乾燥させると・・・

ネチャネチャになってしまいます。

凍結乾燥を３日くらいしましたが、やはりネチャネチャ。

以前の論文の方法で、このネチャネチャを含む餌を作ると・・・やはりネチャネチャ。

ゼブラフィッシュ、食べず・・・。

白ワインは凍結乾燥後もさらっとしていて、簡単に魚に食べさせることができるのに・・・。

と、いかにゼブラフィッシュに赤ワインを摂取させるかに苦労した研究でした（実際の方法は内緒）。

動物実験を数回して、血中脂質が改善することを発見して、自分は渡蘭。

次の方が、DNAマイクロアレイでその作用メカニズムを予想し、稚魚を用いて証明したようです。

いやあ、Pubishできて良かった、良かった（最近お決まりの文句となっています）。

共同研究の皆様、ありがとうございました。

日本では想像もできなかった長い夏休みが終わり、ぼちぼちお仕事モード（ええ、ここには書いていませんが、夏休み中もそれなりに仕事をしていますよー）。

早速Publishできました。

The Journal of Visualized Experiments (JoVE)という実験技術をビデオで紹介していく雑誌。

オランダに来てすぐにここのeditorから寄稿依頼がfirst author（自分ではない）に来たものです。

体長２cm程度のゼブラフィッシュの成魚から、細い針を刺して血液を採取する方法についての論文です。週１くらいのペースで同じ魚から採血し続けることができます。

自分たちが得意の、肥満ゼブラフィッシュの血液生化学検査に使っている技術です。

YouTuberのようになれるかも！と思ったりしましたが、今回は原稿校正、ビデオプロット、ビデオチェックに終始しました。

アクセプト（依頼論文なのに査読されまくりました）されてからなかなか公開されないなー、と思っていたところ、２ヶ月後の今日、publishされていました。

いやあ、良かった、良かった。

First authorの方、ごくろうさまでした！！

ということで今月2報目のPublish。

ヒトエグサ（Monostroma nitidum）に含まれる高分子硫化ラムナンをお得意の肥満ゼブラフィッシュに食べさせた研究報告です。

ヒトエグサというとなんだか本格的に聞こえますが、いわゆる青のり・あおさ、ですな。

元弟子につきあって、いろいろ論文執筆指導をしているうちにAuthorshipに入ってしまいました。正直、投稿したときは「こりゃ実験データも少ないし、アクセプトされないだろう」と思っていたのですが、「ヒトエグサを食べる（食べさせる）」という発想が、欧米人には新鮮だったのか受けたようです。

内容は・・・

おっと誰か来たようだ。

続きはWebで。

かれこれ５年以上、一緒に共同研究させていただいた水産系の会社さんとの成果です。

企業との共同研究なのですが、内容はガチ基礎研究。こういう基礎低な研究を共同研究でさせていただける、というのは大変ありがたいことです。

そして特にリバイス実験、オランダにいるため全くできない私に代わりしていただいた共同研究の皆様、本当にありがとうございました。

そして久しぶりのfirst author。なかなかファーストが出せる機会が減ってくるので、とても嬉しいです。Equally firstは増える一方なのですが・・・。

以前、肥満ゼブラフィッシュの内臓脂肪を制御する遺伝子がないか、その腹腔内に遺伝子発現用モルフォリノアンチセンスオリゴヌクレオチド（長い名前！）を入れまくった研究を発表しました。

今回は脂肪肝に関与する遺伝子を似た様な方法で探しました。

肥満ゼブラフィッシュ脂肪肝のDNAマイクロアレイと二次元タンパク質電気泳動の両データから、E2F-FABP3パスウェイが脂肪肝発症に関係していることを推測し・・・と、すべてを書いてしまうと、copywriteの関係で雑誌社からクレームが来るかもしれないので、

続きはWebで。

思い起こせば３年前、ある工業系の会社から支給された300種類以上の蛍光化合物をがん細胞に振りかけることを思いつき、単なるがん細胞だと面白くないので、それならばがん幹細胞だと実験を始めました。

しかも、当時はがん幹細胞はフラスコの中で増やすのが難しかったので、「ゼブラフィッシュにがん幹細胞を移植して試験しまくる」という魚を用いたスクリーニング研究です。

正確には対象としたのは白血病のがん幹細胞、白血病幹細胞（leukemia stem-like cells）です。

ちなみに前作・前々作からの一連の研究になります。

当時入学したての中国からの大学院生のテーマとしては、当たるか外れるかの厳しいプロジェクトでしたがいくつかヒットが見つかり、そのうちの1つ「DiOC5(3)」を論文発表しました。

私（equally contributed first author）とその大学院生で論文を書き、ようやく投稿できたのは、私がライデン大学、大学院生はオスロー病院に異動してからでした。

それでも研究成果を世間に発表できて嬉しかったです。

一応、取材も受けたようです。自分には全く知らされていなかったですけど（よくある笑）。

一応、内容紹介（研究者のブログですし）。。

ゼブラフィッシュスクリーニングで発見したこのDiOC5(3)という蛍光物質は、普通のがん細胞に対しては対した毒性を示さず、一般的に無害な細胞染色剤と考えられていました。今はもっとよい蛍光色素があるので、実際はほとんど使われていはいません。

これを白血病幹細胞を移植したゼブラフィッシュに与えると、がん幹細胞がぴかっと樋廽r、さらにその数がみるみる減って行きます。

顕微鏡で観察すると、DiOC5(3)はがん幹細胞内のミトコンドリアに蓄積していることがわかり（DiOC5(3)自体が光っているのでよくわかる）、これは他のがん細胞では起きにくいのです。

さらに研究を進めると、 DiOC5(3)はがん幹細胞の表面にだけ発現しているOATPトランスポーター、SLCO4A1, SLCO4C1を介して、細胞内に取り込まれていることがわかりました。

そして最後になぜ細胞内、ミトコンドリアにたまったDiOC5(3)ががん幹細胞を殺すのか？

そこを解明するため、まずはがん幹細胞治療薬の定番メカニズム、活性酸素と NF-κBの核内移行を・・・と、すべてを書いてしまうと、copywriteの関係で雑誌社からクレームが来るかもしれないので、

続きはWebで。

日本に残してきた大学院生の論文です。

Downregulation of stanniocalcin 1 is responsible for sorafenib-induced cardiotoxicity. 

ゼブラフィッシュの心臓を用いて、抗がん剤ソラフェニブ（日本市販名ネクサバール）の心臓への副作用の発現に、STC1（stanniocalcin 1）という分子が関与していることを発見した研究成果。

ソラフェニブは治療困難な癌の代表例である腎細胞癌をはじめ、多くの癌で使用されている抗がん剤です。抗がん剤には数多くの副作用がつきもの（本当はよくないのですが）、ソラフェニブもしかりです。そのうちの１つ、心臓への副作用に注目しました。

ソラフェニブを投与したゼブラフィッシュの心機能を解析し、ヒトと同様の異常（副作用）を確認。その心臓における遺伝子発現をDNAチップを用いて解析し、新たな原因遺伝子STC1を発見しました。

最初は循環器系のメジャーどころに投稿しましたが、エディターからの追加実験注文が多く（人間の心筋細胞を用いた実験を追加したり、いろいろしましたが）、結局この雑誌に落ち着きました。

 それでも無事、publishできたことはとても嬉しいです。

共同研究の皆様、ありがとうございました。

ナノテク分野での初のpublishになりました。

Copper Oxide Nanoparticles Reduce Vasculogenesis in Transgenic Zebrafish Through Down-Regulation of Vascular Endothelial Growth Factor Expression and Induction of Apoptosis

ナノ粒子の利便性・危険性がともに注目されていますが、いろいろなナノ粒子をゼブラフィッシュ稚魚に投与し、そのうち酸化銅ナノ粒子が血管新生を阻害する作用があったという報告。

今まで縁のなかったナノテク分野ですが、今回の共同研究を通してナノ粒子の調製方法の大変さを知りました。

共同研究の皆様、ありがとうございました。

日本に残してきた学生さんが、見事論文をpublishしました。

（おかげで2nd authorには入れました）。

まだ現役の身としては、早く自分のFirst authorを出さないと！！

肥満ゼブラフィッシュにひたすら柚子の皮や、柚子オイルの搾りかすを与えた研究成果が、Journal of Functional Foodsにpublishされました。

簡単に言うと、皮だろうが搾りかすだろうが、何でも柚子とついたものを食べれば痩せるというお話。でも作用メカニズムが違うよーん、という内容です。

今は別のラボに行った後輩との共同研究です（つまり実験はせず、論文書きを手伝っただけです）。

あるReviewerがしつこくreviseを求めてきて（計4回）、もうええ加減にせいやーっと（そしてけっこう気に入ってもらってる？とか）思っていましたが、ちゃんとpublishされました。

ありがとうございました。

アクセプトから１週間も経たないうちにpublishされました。

さすがFEBS、早い。

人間の前立腺がん細胞をゼブラフィッシュに移植し、DNAマイクロアレイで発現量が変化している遺伝子を探索、さらに臨床のDNAマイクロアレイデータと比較して、見つけてきた新規腫瘍血管新生促進遺伝子、ZMYND8の論文です（文章が長い？）。

ゼブラフィッシュを用いたガチの癌研究成果なので、けっこううれしいです。

ということで、共著者としてのreviewがpublishされました。

Zebrafish as a systems toxicology model for developmental neurotoxicity testing.

同じ教室に属していたよしみとして、共著者に入れさせていただきました。

ありがとうございました。

さ、自著論文を増やさなきゃー。

日本の大学を離れてると、実験と論文書きに割ける時間が増えてとてもうれしいです。

ということで、FEBS lettersにリバイス投稿中の論文がアクセプトされました。

日本での研究成果だったので、（諸所の事情により）追加実験ができない状況だったので、無事アクセプトされて安心しました。

でも、実はCancer Reser...にMajor revisionだったので（オランダでは実験できないので見送った）、少し残念だったです。

しかし、IFは低くても名門FEBSグループ、ありがとうございました。

あ、そうそう一見second authorですが、equallyで1stになっているのはご容赦くださいませ

（誰に対して！？）

4回もリバイスさせられた論文がやっとアクセプとされました。

自分がfirstなら4回も・・・と思いつつ、secondの割にはけっこう対応したのに、つむじ曲がりなeditorには困ったものでした。

まあIF4点台の雑誌なら、こんなものなのかもしれない。

以前のInternational Journal of Obesityがラッキーだったのかも。

そろそろ投稿中の他の論文の結果が知りたいなー。

半年ぶりのFirst author

オランダに来てから遊んでばかりじゃないところをビシッと一発。

Zebrafish-Based Systems Pharmacology of Cancer Metastasis

・・・でもreviewだったりします。ま、そろそろreviewも書いとかないとね。

2年前にNational Autonomous University of MexicoのMartha Robles-Flores教授に頼まれて書いた原稿でした。Martha教授は以前、国際共同研究を三重大としようとしたときに尽力していただいたのですが、私の力及ばずグラントが取れなかったのにも関わらず、いろいろお世話してくれます。

本当にありがたいです。Muchas gracias!

そそくさと書き上げて送りましたが、1年ほど何も応答がないなぁと思っていたら、日本出国前（4月中旬）から急に校正の依頼が怒涛のようにやってきて、結局オランダに入国してから（〆切を延長してもらって）書き上げました。

特にパスウェイ図の解像度が足りないから作り直せ、といわれたときには、「こんな作業は研究者の仕事じゃないわー」と半泣きでIllustratorに向かっていました（ええ、自分で作った図には最後まで責任を持つのが研究者の基本ですとも）。

いいことは続くもので、同じ日に２報Publish。

こちらはScientific Reportsから、しかもちょっと嬉しいEqually first author。

ポッカサッポロフード＆ビバレッジとの共同研究の成果をまとめたものです。そして、そこから来られていた大学院生の学位論文になります。

いやあ、めでたい、めでたい。

Eriocitrin ameliorated diet-induced hepatic steatosis with activation of mitochondrial biogenesis.

レモンに多く含まれているeriocitrin（エリオシトリン）を肥満ゼブラフィッシュに与えたところ、脂肪肝が良くなった。DNA microarrayで解析したらミトコンドリアの生合成が増加していた（エネルギー産生があがっている、つまりカロリーをよく使うみたいなイメージ）。

んでもって、さらにヒトの肝臓細胞でエリオシトリンの作用とメカニズムを（ちょっと）証明した（メインはゼブラフィッシュですから！）。

論文書き以外にも、最後のヒト細胞での実験を含め、実験かなりがんばりました。

なので嬉しいです。

でも、もう少し格上の論文でもよかったような・・・という研究者にありがちな欲が出てしまいます。

まあ、もう出国間近なので、しょうがないのですが・・・。

これで残っている大学院生はあと何名だっけ？？

Plos oneにPublishされました。

Quantitative phenotyping-based in vivo chemical screening in a zebrafish model of leukemia stem cell xenotransplantation.

ある製薬企業との共同研究のために開発した技術を論文にまとめたもの。

残り少ない日本滞在期間に、これで弟子１人の学位が取れたので嬉しいです。

えーっと、あと何人分だっけ？？

人間の白血病細胞から癌幹細胞（白血病幹細胞とも言う）を抽出し、ゼブラフィッシュ稚魚に移植、それを96-well plate内で飼育し、経時的にハイコンテンツイメージャーで撮影していく、というもの。培養細胞系ではよく行われている実験だけど、癌移植ゼブラフィッシュを生きている状態で画像解析していったのが眼目（だと思いたい）。

また、癌幹細胞は含有量が非常に少ないので、マウスなどの動物では移植しきれない、移植してもがん細胞が増加するまで長い時間がかかる（１ヶ月以上）という問題点、ゼブラフィッシュだと軽やかにovercomeしたというのも売り。

ちなみにゼブラフィッシュのサイズは3mm、マウスの1000分の1以下。

ゼブラフィッシュで心臓関係をしている後輩がついにMolecular Biotechnologyにアクセプトされた。

よかった、よかった！

今日、共同研究者がZebrafishに投稿中だった論文がAcceptされたとの連絡が来た。

いやあ、よかった×２

Reviseに付き合った甲斐がありました。

臧先生、お疲れ様でした。

詳細は後日、雑誌からpermissionが出てから～！

年明けかなと思っていたら、もうPublishされていました。
さすがはPLOS ONE、on line journalだけに早い早い。

蛍光色素で染色したゾウリムシを食べさせることによって、ゼブラフィッシュの摂食量を測定するというMethods paper。でも、遺伝子ノックダウンやらmRNAレスキューやら、人間用の食欲調整剤を投与して下流の遺伝子発現を解析したり、行動解析して試験化合物の毒性評価の系をねじ込んだりとか、それなり盛ってあります。

共著者および実験を手伝ってくれた方々（特にreviseの時）に感謝の意を述べさせていただきます。

Thank you!!

というわけで9月のMajor reviseを乗り越え、なんとかPLoS OneにAcceptされました。
そしてequally contributed（しょうがないよねー）を除くと、2009年依頼のfirst author。

最初はMethodology paperのつもりで書いていたので、一応scientific journalに入れたので、ほっと一安心。

前回よりいい雑誌に載せられて、本当によかった。

そして、現在投稿中の論文に幸運が訪れますように！！

というわけで投稿中の論文がMajor revision。
アイデアはよいという評価をもらったが、full paperとしてはデータが不足しすぎ、とのきつーいお言葉。このままじゃあ、Methodology paperとして投稿しなおせとのお達し。

ま、まけないんだからねっっ！！

というわけで残り40日。できるだけ詰めていかないと。

共同研究先との仕事がまたpublishされました。

In vivo assessment of the permeability of the blood--brain barrier and blood-retinal barrier to fluorescent indoline derivatives in zebrafish.

私がメインの研究成果ではないのですが、こことの仕事でWhole Organism Chemical Screening (この場合はdye screeingというべきか)の世界に入りました。

さあ、そろそろガツンと成果を連発していきます！！

というわけで先日、やっとこさ論文がpublishされました。
2012年も折り返して数か月、ようやく１報目です。ペースが遅すぎる・・・。

緑茶由来のカテキンを多く含む分画が食餌性肥満ゼブラフィッシュに効く、という内容。
実は似たような内容で、カンパリトマトが食餌性肥満ゼブラフィッシュに効く、という論文を出していたので、そのシリーズものになります。


まあ、人間ですでに緑茶がダイエットに効く！とされているので、ある意味確認実験ですが、実はこの論文の売りは、ゼブラフィッシュのCT撮影技術の開発にあります。

RIGAKU社の動物用CTを改造したものを、大学に購入してもらい、やっと内臓脂肪が計測できるようになりました。ここにいろいろつきあってくださった皆様に感謝の意を表します。

Thank you!!

Today, we have published our new article about food evaluation using diet-induced obesity model of zebrafish (DIO-zebrafish), "Transcriptome analysis of anti-fatty liver action by Campari tomato using a zebrafish diet-induced obesity model." in Nutrition & Metabolism.

I wrote almost all in this article and joined as equally-contributed author.
Now we're conducting another screening studies with this DIO-zebrafish with chemicals and natural components. We're in preparation for the next article with the combination of DIO-zebrafish (in vivo) and human cells (in vitro).

Today,　we have published our new article about oral administration of test chemicals to adult zebrafish, "A novel protocol for the oral administration of test chemicals to adult zebrafish" in Zebrafish.

This protocol was invented for the chemical screening using diet-induced obesity model of zebrafish, we have previously published in 2010.

And now we're developing new protocol for measuring feeding volume to estimate the effect of chemicals in larvae.

分子生物学会に学生を発表させる＆共同研究を成立させるという理由で出席した。
自分が発表しないので気分はかなりラクだった。

あまりにもラクだったので・・・論文をpublishしてしまいました。
会場の無線LANが使えたので、Figureの校正をして公開ゴー！！

Transcriptome analysis of anti-fatty liver action by Campari tomato using a zebrafish diet-induced obesity model.

さあ、次はもちょっとIFを上げていくぞ！！

Firstになる予定の人が長い間、書ききれなかった論文をもらうことにした。
けっこう抵抗するかなぁと思って提案したが、比較的すんなりいただけた。

追加実験もほぼ完了したし、ちゃっちゃと書いて投稿します。

Accept in Nutrition & Metabolism...

これでacceptされたら、やっと大学院生１名、仕上がったことになる。
equally contributedにしたのは半分シャレだけど。

以前、fantastic manuscript!とminor journalに褒められたmanuscriptのminor reviseが完了した。Microarray dataのGO解析やqPCRを付け足し、隠していた実験データ（いらないかなと思って出していなかった）をfigure化しただけである。

さてこれからがめんどくさい仕事の始まり。

まずCover letterを書き直して
reviewerの質問（あるいはsuggestion）への答えをリスト化して書いて、何ページの何行目に書き加えた云々とねちねち書いて
それから英文校閲・・・

Nativeはいいなぁ～～

以前話の出ていた後輩の論文がreviseになった。まずは一安心というところ。IFがかなり低いけど、前から興味がある雑誌だったので、Publishされるのが少し楽しみだったりする。

IF2点台の雑誌だけど、reviewerから表題のようなコメントをいただいた。

equally contributedの2nd authorなので（実験は大学院生、研究デザインと文章は自分という形式）、正直うれしいというよりは、ほっとした。

・・・でもrevisedだったりして・・・

前回のfour suggested reviewerの論文の著者からメールが来た。
「わずか3日でrejectされました」


思わず笑ってしまいました。

論文内容と雑誌のテーマとのミスマッチが理由で（投稿する前に気づくべきだった、でもこの雑誌を選んだのはむこうの教授）、editor levelでのreject。
噂には聞いていたが本当にあるとは・・・

こっちとしてはお助け的な仕事だったので、そんなに悲しくないのですが、first authorはさすがに悲しそうでした。


さあて共同研究も年度末に向けて減ってくるし、そろそろ自分でもfirst authorで書こう！！

以前、NEDOマッチングファンドでお世話になった研究がようやく論文という形で世間に発表できて、ほっとした。



カンパリ種という日本では珍しい品種のトマトを、パンパンに太らせた肥満ゼブラフィッシュに食べさせると、ちょっとやせて、血中の中性脂肪が減って、さらに脂肪肝が治ったよ。そしてDNAチップでこの肝臓を調べたらsrebf1という脂質合成遺伝子群の転写因子の発現が減っていて、たぶんそれはその上流にあるfoxo1遺伝子の発現上昇によるものだろう。んでもってこれらの遺伝子を動かしているのはリコピンではなくベータカロテノイドかポリフェノールの何かじゃね？という内容。


さてこのカンパリ種、アメリカなぞにいくとよく見かける小ぶりの甘～いトマトなのですが、日本ではほとんど売っていない。サイズは小さいが桃太郎なんぞよりもっと甘くコクがある（アミノ酸が多いのかも）のに残念だ。

このトマトは1st authorであるデリカフーズ社の田井中さんが、熊本で栽培、販売されているものを見つけてきたのである。この地方は、ミネラルが多い干拓地でトマトを育てることにより、成分（含むうまみ）を濃縮させる「塩トマト」を作ることで有名である。さらに研究で使用したトマトは、 この地方の井手さん（T.K.EVOLUTION FARM）がEnza Zarden社のカンパリ種を特殊な技術とミネラル土壌でさらにうまみ濃縮栽培したものである。

このトマト、本当においしい。単に甘いだけでなく、こくがある。実験では凍結乾燥でパウダー化したが、この粉がまた甘くておいしい。ごはんにかけて食べられるくらいだ。

もうすぐ塩トマトの季節。楽しみ、楽しみ。

といってもまたもやco-author。しかもthe 3rd author。

まあ、どうでもいいや。

さて問題は最近書いているちょっと苦手な循環器領域の研究。

実はequally contributed（firstが英語論文が書けないのだ）の論文をもう1つ書きかけで放置していたので2日前から推敲しなおしている。

ゼブラフィッシュ-ヒトのcomparative genomicsなので、Target proteinのmolecular phylogenetic treeが必要なことに気づき、昨日ひさしぶりにclustalwやらtree viewをいじった。

最初に、参照データとして他の動物の核酸配列をNCBI geneから集めてみると、最近、すごいたくさんの動物のゲノムがシーケンスされており、びっくりした。NGSのおかげだろうか。


ざっと上から出てきたのを並べると

Nasonia vitripennis: キョウソヤドリコバチ
Nomascus leucogenys: ホオジロテナガザル
Pongo abelii: スマトラオランウータン
Callithrix jacchus: コモンマーモセット
Macaca mulatta: アカゲザル
などなど。まあ、論文にはいらないんだけどね。




あと１つ実験を追加してうまくいけばFigureを増やして今年度中に投稿だ！！

In vivo imaging of zebrafish retinal cells using fluorescent coumarin derivatives.

Synergistic induction of heme oxygenase-1 by nicaraven after subarachnoid
hemorrhage to prevent delayed cerebral vasospasm.

Shimada Y, Tsunoda H, Zang L, Hirano M, Oka T, Tanaka T.