Research Blog

Tue

01

Sep

2015

Systems pharmacology of adiposity reveals inhibition of EP300 as a common therapeutic mechanism of caloric restriction and resveratrol for obesity.

ということで連続してPublish。

出国直前までやっていたメルシャンとの共同研究が論文になりました。


赤ワインといえば、レスベラトロール

レスベラトロールといえば肥満!!


ということで、お得意の肥満ゼブラフィッシュ研究で赤ワイン・レスベラトロールの作用メカニズムを解明した仕事です。

でも、これには本当に苦労しました。

赤ワインを魚に「食べさせる」のですが、赤ワインを凍結乾燥させると・・・


ネチャネチャになってしまいます。

凍結乾燥を3日くらいしましたが、やはりネチャネチャ。

以前の論文の方法で、このネチャネチャを含む餌を作ると・・・やはりネチャネチャ。

ゼブラフィッシュ、食べず・・・。


白ワインは凍結乾燥後もさらっとしていて、簡単に魚に食べさせることができるのに・・・。


と、いかにゼブラフィッシュに赤ワインを摂取させるかに苦労した研究でした(実際の方法は内緒)。

 

動物実験を数回して、血中脂質が改善することを発見して、自分は渡蘭。

次の方が、DNAマイクロアレイでその作用メカニズムを予想し、稚魚を用いて証明したようです。


いやあ、Pubishできて良かった、良かった(最近お決まりの文句となっています)。

共同研究の皆様、ありがとうございました。



Mon

31

Aug

2015

Repeated Blood Collection for Blood Tests in Adult Zebrafish

日本では想像もできなかった長い夏休みが終わり、ぼちぼちお仕事モード(ええ、ここには書いていませんが、夏休み中もそれなりに仕事をしていますよー)。



早速Publishできました。



The Journal of Visualized Experiments (JoVE)という実験技術をビデオで紹介していく雑誌。

オランダに来てすぐにここのeditorから寄稿依頼がfirst author(自分ではない)に来たものです。


体長2cm程度のゼブラフィッシュの成魚から、細い針を刺して血液を採取する方法についての論文です。週1くらいのペースで同じ魚から採血し続けることができます。

自分たちが得意の、肥満ゼブラフィッシュの血液生化学検査に使っている技術です。


YouTuberのようになれるかも!と思ったりしましたが、今回は原稿校正、ビデオプロット、ビデオチェックに終始しました。

アクセプト(依頼論文なのに査読されまくりました)されてからなかなか公開されないなー、と思っていたところ、2ヶ月後の今日、publishされていました。



いやあ、良かった、良かった。

First authorの方、ごくろうさまでした!!



Fri

14

Aug

2015

MeV4

たまには(本当にたまには)研究のブログ。


以前はDNA microarray屋で、真面目に自分でR (Bioconductor)をまわしたり、MeV4でclusteringをしたりしていました。


しかし最近は、はやりの次世代シーケンスブームで、こういった基礎的な解析をすべて共同研究者や外注に任せる日々が続いていました。


と・こ・ろ・が・・・

オランダで単独行動中ということもあり、久しぶりに自分で解析する事態が発生。

しかもnon-coding RNAのexpression listなので、Pathway ほにゃららのような便利ソフトウェアも使えず(gene nameなどのannotationがない)、ガチで最初からやるということに



えっと・・・Bioconductorのインストール方法ってどうするんだっけ?

RankProdのコマンドは、確か3年前に書いた最後のものがPCのどこかにあるはず・・・。

などと試行錯誤の果て、やりぬきました。


こういうのもたまには新鮮でいいですね!


そして驚いたのがMeV4


以前は単なるclustering softwareという認識だったのですが、使ってみると超便利に進化していました。

クラスター図を作るだけが目的だったのですが、(記憶をよみがえらせるために時間のかかった)Rなんて使わずに最初からMeV4ですべてやればよかったと反省。


これからは他人任せにせず、もう少し自分でも次世代データの解析をしようと思いました。



あれ?すでに1つ外注中でした・・・。



Wed

29

Jul

2015

ZFプレート

日本からわざわざ送っていただきました。ありがとうございます!
日本からわざわざ送っていただきました。ありがとうございます!

久しぶりの研究成果報告ブログです。


以前、橋本電子工業株式会社さんと共同研究開発していたゼブラフィッシュ用96-well plate『ZF Plate』がFunakoshiさんから発売されました。


飼育水・麻酔液交換のマイクロタスを付けた96-well plateで、遠心機にかけることにより、ウェル内のゼブラフィッシュ稚魚が横向きの状態でウェル底に並びます。


さっそく日本からいくつか送ってもらい、ライデン大学で何人かの大学院生に使ってもらっていますが、皆その使いやすさに感動していました。


日本語版パンフレット

英語版パンフレット

さらにYouTubeによる使い方説明



研究資金を援助してくださったNEDO(平成24年度イノベーション実用化ベンチャー支援事業)、橋本電子社の皆様、ありがとうございました。



 

発明者に私も入っていますが、このプレートが売れても私の収入にはならなかったりします・・・。


Mon

29

Jun

2015

The 9th European Zebrafish Meeting

大量のやや変態チックな彫刻がある公園
大量のやや変態チックな彫刻がある公園

オランダに来て1年ちょっと、まだ1回も学会発表していないのは経歴的にまずいかと考え・・・


ご近所ノルウェイはオスローで開催される第9回European Zebrafish Meetingで発表してきました。


ネタは・・・肥満ゼブラフィッシュとマウス脂肪細胞を併用した研究、内臓脂肪蓄積を促進する遺伝子MXD3についてです。

財源を古巣(三重大学)にお願いしたので、ライデン大学での成果ではなく過去の成果にしました。

できればオーラル(口演)で申し込んだのですが、残念ながらポスターになってしまいました。



父の日で買ってもらったスーツ一式に身を包んで、KLMでアムステルダムからオスローへ移動。

初日はsuperviserの准教授のプレゼンを聞き、ZIRCのDirectorのプレゼンを聞き、彼と少し内密の打ち合せをし、夜は・・・

昔(といっても昨年まで)の大学院生がオスロー病院でpost docとして働いているので、彼に会ってきました。


オスローはノルウェイの首都、にぎやかですが車が少ない。そして小さい。

物価が異様に高い。

晩ご飯を元大学院生に奢ってもらいましたが、値段を聞いてびっくり。

アジア料理屋で二人で100クローネ(1万円以上)!


その後、彫刻で有名なヴィーゲラン彫刻公園(Vigeland Park)を案内してもらい、記念撮影をし、彼の家に呼ばれ、ほかの中国人研究者達としばらく談笑しました。

元学生がこうやって活躍しているのを(活躍していないかもしれないけど)見るのはとても嬉しいものです。


翌日、ちゃっちゃとポスタープレゼンテーションを済ませ、さあ観光に行くぞ!と思っていましたが、面白いプレゼンが多く、しっかり夜の飛行機直前まで学会に参加してしまいました。

ということでオスローはほとんど観光せず、帰国(正確には帰蘭)。


いつの間にか自分も真面目になったもんだ、うんうん。



--------------------------------------------------------

帰国後1ヶ月して・・・

ZDM8の存在を忘れてたーーっ!!

オランダからボストンは比較的近いので、こっちでも発表すれば良かったと思ったのは後の祭りでした。

どれくらいオスローの物価が高いかと言うと・・・

空港で食べたこのハンバーガーセット、220クローネ、日本円にして3000円なり。


その分、給料も高いらしいですが(元大学院生談)。

0 Comments

Fri

29

May

2015

Rhamnan sulphate from Monostroma nitidum attenuates hepatic steatosis by suppressing lipogenesis in a diet-induced obesity zebrafish model.

ということで今月2報目のPublish。

ヒトエグサ(Monostroma nitidum)に含まれる高分子硫化ラムナンをお得意の肥満ゼブラフィッシュに食べさせた研究報告です。


ヒトエグサというとなんだか本格的に聞こえますが、いわゆる青のり・あおさ、ですな。


元弟子につきあって、いろいろ論文執筆指導をしているうちにAuthorshipに入ってしまいました。正直、投稿したときは「こりゃ実験データも少ないし、アクセプトされないだろう」と思っていたのですが、「ヒトエグサを食べる(食べさせる)」という発想が、欧米人には新鮮だったのか受けたようです。


内容は・・・

おっと誰か来たようだ。


続きはWebで。


0 Comments

Tue

05

May

2015

E2F8 promotes hepatic steatosis through FABP3 expression in diet-induced obesity in zebrafish

かれこれ5年以上、一緒に共同研究させていただいた水産系の会社さんとの成果です。

企業との共同研究なのですが、内容はガチ基礎研究。こういう基礎低な研究を共同研究でさせていただける、というのは大変ありがたいことです。

 

そして特にリバイス実験、オランダにいるため全くできない私に代わりしていただいた共同研究の皆様、本当にありがとうございました。


そして久しぶりのfirst author。なかなかファーストが出せる機会が減ってくるので、とても嬉しいです。Equally firstは増える一方なのですが・・・。

 

以前、肥満ゼブラフィッシュの内臓脂肪を制御する遺伝子がないか、その腹腔内に遺伝子発現用モルフォリノアンチセンスオリゴヌクレオチド(長い名前!)を入れまくった研究を発表しました。


今回は脂肪肝に関与する遺伝子を似た様な方法で探しました。


肥満ゼブラフィッシュ脂肪肝のDNAマイクロアレイと二次元タンパク質電気泳動の両データから、E2F-FABP3パスウェイが脂肪肝発症に関係していることを推測し・・・と、すべてを書いてしまうと、copywriteの関係で雑誌社からクレームが来るかもしれないので、

 

続きはWebで。

0 Comments

Wed

22

Apr

2015

サマリー(1年)

ライデン大学に、いわゆる研究留学に来て1年が経ちました。

1年予定で研究留学している日本人研究者が帰り間際、「ようやく研究がうまく回りだしたときに帰るのは残念」と言っていた通り、自分のプロジェクトもようやく回りだしました。


前回の半年サマリーでは、細かいトラブルで研究がスムースに進まないと愚痴っていましたが、それら全てほぼ解決し、あとはひたすら実験をやるだけ、の状況になりました。子供が小さい&ホリデーがとても多いので、「ひたすら実験をする」というのが、それはそれで難しかったりします・・・。


年末帰国時に「このままでは成果がやばいかも」と思い、日本での共同研究者のプロジェクトをいくつか持って来たため、今のプロジェクト数は4から6に増え、さらに正式ではないけど大学院生の指導もちょこちょこ入り、なかなか忙しい毎日。

その分、2名ほど大学院生を使えたりするので、実験を手伝ってもらったりしています。



こちらに来て、1年で9報発表できたのは及第点ですが、前回の半年で6報からは少しペースダウンしました。

まあ、すでにアクセプトされているのが1報、リバイス中が1報あるので実質は11報なのですが。

前回のサマリーで課題だったImpact FactorについてはBiomaterialはそこそこでしたが、まだまだ修行が必要な状況でした(ええ、もちろんIFのために研究しているわけではないですとも、ええ)。


もっとがんばらないと!!!

 

・・・けっこう日本人的なブログでしょ?

0 Comments

Sun

19

Apr

2015

誕生日ケーキを自分で焼きました!(長文注意)

27回目(もちろん嘘)の誕生日が来ました。

おっさんの誕生日はめでたくも何ともないので、例年特に何もせずに流してきていたのですが・・・、今年は違います。何せ、ここはオランダの大学。

 

以前のブログ(ケーキ・ケーキ・ケーキ!)でもご紹介したように、オランダでは(特にうちのラボでは)自分の誕生日に教室員全員にケーキを振る舞います。その量、だいたいホールケーキ3個分。

 

さすがに教官は忙しいため買ったものが多いですが、学生やポスドクは自作のものが多いです。もちろんたまに購入してくる学生もいますが(アジア系に多い)。

皆、それなりに上手なケーキを焼いて持ってきます(特にオランダ人男性は上手な傾向があり)。


ここは現役の実験系研究者(自称)として、ケーキの3つくらいはビシッと自作で決めたいところ。

しかし自分はケーキなんぞ、レアチーズケーキくらいしか作ったことがない。。。

ということで前回のブログ(2月)から週末、ケーキ作りの練習をしてきました。


---------------------------------------------------------------------------------------------

フルーツケーキ

子供たちに手伝ってもらい(遊びの一環)、基本のケーキミックスに適当なフルーツをぶち込みまくって焼きました。焼いているうちに中心部が火山のように突出してきましたが、味は良かったです。でも見た目が・・・。


アップルタルト

オランダケーキの基本中の基本、アップルタルト(オランダ風にはアペルタールト)に挑戦。子供たちの協力の元(完全に週末のエンターテイメントになっています)これまた基本のケーキミックスに安くで買ったリンゴを切ったものを入れて、余った生地でドウを作り、網目状にかぶせて焼くだけのはずが・・・。

あれ?ドウを作る分の生地が足りない。しかもパサパサでうまくドウが作れない・・・。

ええ、バターの量を間違えておりました。本当は170g入れるところを70gしか入れておりませんでした。しょうがないのでそのまま焼きましたが・・・見た目はイマイチですが意外と美味しかったです。


ダブルチョコレート

これまでの経験から「Dr. Oetkerのケーキミックスに外れなし!(少々失敗しても美味しくできる)」という法則を得た自分。少し難しそうなダブルチョコレートケーキにチャレンジしてみました。

最初にチョコケーキを焼いて(やはり中心が膨らんでしまう)、上に溶かしたチョコをかぶせて・・・となかなか面倒でしたが、子供たちに好評でした。見た目もなかなか良好。これでかなり自信を付けました。


--------------------------------------------------------------------------------------------

そして本番

わざわざケーキ型を複数揃え、前日の日曜から作製開始。

作ったのは前述のダブルチョコレートに加え、ザッハトルテ(少し調子に乗っている)、そしてイチゴ風味のレアチーズケーキ(オーブンが小さいので焼かずに作れるものを追加)。

もちろん使用したケーキミックスはDr. Oetker、同じDrとして少し親近感も出てきました。


なお作り方は箱に書いてあるオランダ語を全てGoogle Translateで英語に直して読みました。Thank you Google!


そしてケーキ作りの師匠である妻から、

「フルーツや生クリームで飾りを付けると本格的に見えるよ」

とナイスなアドバイスを受け、結局は妻が中心になって本格的な飾り付けを施行(クリームのニュルニュルした飾り付けが自分ではできなかった)。


かなりプロフェッショナルな感じのケーキが出来上がりました。


ラボのそこら中に

Cake at 15:00, Yasuhito」の貼り紙を貼りまくり、自分の誕生日パーティーを開きました。

 

同室の大学院生(若い中国人女性!)がこっそりと皆のメッセージの入った色紙とプレゼントを用意してくれており、とても嬉しかったです。プレゼントの1つ、ワサビドレッシングが想像していた味と違ってびっくり。でもけっこう美味しくてお気に入りです。さすがイタリア製。


肝心のケーキは「見た目もいいし、味も良いと」皆に大好評。お代わり続出であっという間になくなってしまいました。

特にレアチーズケーキはかなり大きかったのですが、「ヘルシーで美味しい」と好評でした。

・・・レアチーズケーキがヘルシー、という発想は日本人である自分には新鮮でしたが。


ラボメンバーには日本にいるころはケーキを自分で焼いたことがない、と伝えていましたが、今回のケーキの出来が良かったせいか誰も信じてくれず、ついに

Dr. Oetkerのケーキミックスを使ったんだ」と伝えると、ボスが

あー、あのケーキミックスは間違いない、美味しくできるよ」とのこと。

どうやら正しい選択ができていたようです。


帰宅すると妻がショートケーキを作ってくれていました。オランダでは碌なスポンジケーキが売っていないので、Dr. Oetkerのレモンケーキをベースに作ったとのこと。

さすが師匠!の一言につきる出来栄え



そして子供たちからもプレゼント。ブレスレットの「Birthday」の綴りが微妙に間違えているのはご愛嬌。



いやあ、いい誕生日でした!!

 

皆さん、ありがとうございました〜!!

 

-----------------------------------------------------------------------------------------

なおこのブログはDr. Oetkerからの資金提供は一切受けておりません。

Sat

07

Mar

2015

In vivo selective imaging and inhibition of leukemia stem-like cells using the fluorescent carbocyanine derivative, DiOC5(3)

思い起こせば3年前、ある工業系の会社から支給された300種類以上の蛍光化合物をがん細胞に振りかけることを思いつき、単なるがん細胞だと面白くないので、それならばがん幹細胞だと実験を始めました。

しかも、当時はがん幹細胞はフラスコの中で増やすのが難しかったので、「ゼブラフィッシュにがん幹細胞を移植して試験しまくる」という魚を用いたスクリーニング研究です。

 

正確には対象としたのは白血病のがん幹細胞、白血病幹細胞(leukemia stem-like cells)です。

ちなみに前作前々作からの一連の研究になります。


当時入学したての中国からの大学院生のテーマとしては、当たるか外れるかの厳しいプロジェクトでしたがいくつかヒットが見つかり、そのうちの1つ「DiOC5(3)」を論文発表しました。


私(equally contributed first author)とその大学院生で論文を書き、ようやく投稿できたのは、私がライデン大学、大学院生はオスロー病院に異動してからでした。

それでも研究成果を世間に発表できて嬉しかったです。


一応、取材も受けたようです。自分には全く知らされていなかったですけど(よくある笑)。


一応、内容紹介(研究者のブログですし)。。

ゼブラフィッシュスクリーニングで発見したこのDiOC5(3)という蛍光物質は、普通のがん細胞に対しては対した毒性を示さず、一般的に無害な細胞染色剤と考えられていました。今はもっとよい蛍光色素があるので、実際はほとんど使われていはいません。


これを白血病幹細胞を移植したゼブラフィッシュに与えると、がん幹細胞がぴかっと樋廽r、さらにその数がみるみる減って行きます。


顕微鏡で観察すると、DiOC5(3)はがん幹細胞内のミトコンドリアに蓄積していることがわかり(DiOC5(3)自体が光っているのでよくわかる)、これは他のがん細胞では起きにくいのです。


さらに研究を進めると、 DiOC5(3)はがん幹細胞の表面にだけ発現しているOATPトランスポーター、SLCO4A1, SLCO4C1を介して、細胞内に取り込まれていることがわかりました。


そして最後になぜ細胞内、ミトコンドリアにたまったDiOC5(3)ががん幹細胞を殺すのか?

そこを解明するため、まずはがん幹細胞治療薬の定番メカニズム、活性酸素と NF-κBの核内移行を・・・と、すべてを書いてしまうと、copywriteの関係で雑誌社からクレームが来るかもしれないので、

 

続きはWebで。


0 Comments

Mon

23

Feb

2015

フランクフルト出張

研究者のブログ、と銘打っているのに、研究の話はほとんどしていないことに気がつきました。

こりゃいかん、ということでたまには仕事の話。


もちろん日本にいる頃よりは働いていません!!


いつぞやのブログ(一年の計は元旦にあり)で少し書きましたが、昨年はこつこつ1実験者として働いてみましたが、年も年だし、運も向いてこないし、

成果が出そうな気がしない!!

ということで、正月に日本からいくつか共同研究ネタを持って来ていました。

その関連で、初出張 from the Netherlandsをしました。


行く先は、ドイツのトップサイエンティストが集う

Max Planck!!

イエーイ!!

 

仕事の詳細は内緒ですが、噂に名高いドイツ・ソーセージとビール、ザワークラウトをたっぷり満喫しました。


特にソーセージは美味しい!!こんな美味しいソーセージはオランダでは食べたこと有りませんでした。

まあ、後の料理はオランダと似ています。すぐ隣の国で、同じゲルマン系なので当たり前なのですが。


一泊二日の仕事を終えて、夕方時の飛行機で帰ろうとしたら・・・携帯メールに乗る予定の便のcansellationの連絡。

とりあえず空港に行き、ルフトハンザカウンターでチェックインすると、自動的に時の便に変更されました。

そして8時まで待った後、ゲートをくぐって乗る直前になると、あれ、頭のはげたルフトハンザの職員が髪を振り乱しながら

「I'm sorry, I'm sorry」と叫んでいる。

行ってみると・・・

オーバーブッキングでした。

 

3時間以上待たせて、オーバーブッキングかよ!!

なめとんのか、どないしてくれんねん!!

と叫んでいる中国人をよそに(意訳)、

 

「It's not your fault」と言って、はげ頭を慰めていたオランダ人紳士達(さすがだわー)。

彼らと一緒にバスに乗り、ル◯ト◯ンザが用意してくれたホテルへ移動。

無料の晩ご飯を食べ(なぜかビールは有料)、偶然知り合った日本人画家の方と仲良くなって、翌朝一番の便で帰りました。

・・・ええ、朝一なので4時半に起きましたけどね。いつもは人でいっぱいのフランクフルト空港も、さすがに早朝はガラガラでした。


 

もう二度とル◯ト◯ンザには乗らん!!



あ、仕事はうまく行きました。研究もうまく行きそうです〜〜。

0 Comments

Wed

21

Jan

2015

一年の計は元旦にあり

新年あけましておめでとうございます。


昨年はライデン大学に異動し、そこのチームで一(いち)研究者そして「一実験者」として仕事をしてみました。


いろいろチャンスを与えてはいただいたのですが、なかなか実験結果がよくありませんでした。

まあ、それもある意味当たり前。いい結果が出そうなプロジェクトは、お客様ではなく生粋の大学院生に振り分けられるものです。


んなこたぁーわかっている。こっちもそんなにネンネじゃない。


だったら、自分の懐からいくつかプロジェクトを持ち出すしかない。


ということで急遽決まった年末帰国に乗じて、日本でいくつか話をまとめ、オランダに戻りました。


さあ、新年。自分自身ががんばらないといけない実験に加え、これら共同研究のマネージメントが始まりました。

ついでにボスから、一部の共同研究についてはチームを広げ、国際グラントを取るように提案(提案 = 命令)されました。


なかなか厳しいね、うんうん。


でもこれで少しはライデン大学でも研究成果がたたきだせるのではないかと、自分でも期待しています。


1人で実験していては、なかなかできることも少ないですしね。


(写真は出国直前に泊まったホテルに会った鏡餅、ゴージャスすぎるー!!)

0 Comments

Sat

08

Nov

2014

STC1 downregulation was involved in Sorafenib-induced cardiotoxicity.

日本に残してきた大学院生の論文です。


Downregulation of stanniocalcin 1 is responsible for sorafenib-induced cardiotoxicity. 


ゼブラフィッシュの心臓を用いて、抗がん剤ソラフェニブ(日本市販名ネクサバール)の心臓への副作用の発現に、STC1(stanniocalcin 1)という分子が関与していることを発見した研究成果。



ソラフェニブは治療困難な癌の代表例である腎細胞癌をはじめ、多くの癌で使用されている抗がん剤です。抗がん剤には数多くの副作用がつきもの(本当はよくないのですが)、ソラフェニブもしかりです。そのうちの1つ、心臓への副作用に注目しました。


ソラフェニブを投与したゼブラフィッシュの心機能を解析し、ヒトと同様の異常(副作用)を確認。その心臓における遺伝子発現をDNAチップを用いて解析し、新たな原因遺伝子STC1を発見しました。



最初は循環器系のメジャーどころに投稿しましたが、エディターからの追加実験注文が多く(人間の心筋細胞を用いた実験を追加したり、いろいろしましたが)、結局この雑誌に落ち着きました。

 それでも無事、publishできたことはとても嬉しいです。



共同研究の皆様、ありがとうございました。

1 Comments

Thu

16

Oct

2014

サマリー(半年)

だいぶ日が短くなってきました。アパートからの夕日
だいぶ日が短くなってきました。アパートからの夕日

ようやくこちらに来て半年。

ひそかに尊敬している三重大出身の先輩(だいぶ年上ですが)が留学10ヶ月で成果論文を出されていたので、そろそろ焦ります。予定は2年だからまだ時間はあると言えるけど。


研究をしていると当たり前のことなのですが、細かいトラブル(細かくないかも)が多くてなかなか実験が進みません。


日本から持ってきた(はずの)プラスミドが増えなかったり、大学のキッチンが用意している抗生剤が効かなかったり、培養細胞にマイコプラズマが入りまくったり、米国の共同研究者から入手した細胞が増えない、発注した合成品(けっこうなお値段)が届かないなど・・・。

まあ、4つもプロジェクトを抱えていたら、こうなるわな。


気づくとラボ内はおろか、大学中を走り回っています。

おかげでけっこういろんな人たちに顔を覚えてもらいました(日本語の名前は彼らには覚えにくいようですが)。



こちらに来て半年で6報publishできたのは及第点。これまた尊敬している現三重大教授のペースとほぼ同じなので、ちょっとうれしい。

でもImpact Factorがあまり高くないので、今後一層のブラッシュアップが必要な状況。

ということで最近は少し高めを2報、投稿中。

なんとかひっかかってくれるといいのですが・・・。


さ、今書きかけの2報をさっさと済ませて、次のネタにとりかからないと。

0 Comments

Sun

05

Oct

2014

ゼブラフィッシュ整列装置の特許公開

自動で96-well plate内のサンプル(通常は細胞ですが、自分はゼブラフィッシュ)を撮影する装置、ハイコンテンツイメージャー(High-content imager)用のゼブラフィッシュ整列装置の特許が公開されました。

 

小魚類イメージング装置用の小魚類配列装置

 

出国前の最後の一仕事、橋本電子工業株式会社との共同研究、NEDOグラントの研究成果です。申請から関わって来たので思い入れの強い発明です。

 

細胞と違い、ゼブラフィッシュは撮影時の向きが命。

しかし、同時に生きている状態が大事なので、撮影時に向きを固定するのがとても難しい。

これを解決したのがこの発明です(詳細は大人の事情でひ・み・つ)。

 

 

久しぶりの大物(というほどでもないか)申請書だったので、だいぶ気合いを入れて準備しました。通ったときは嬉しいというよりは、ほっとしたことを覚えています。

 

オランダに来たため、この 研究開発チームからは実質はなれてしまいましたが、さらなる素晴らしい開発が進んでいることを祈っています。

 

共同研究者の皆様、ありがとうございました。

0 Comments

Wed

01

Oct

2014

First publication in Nano technology with Zebrafish!

ナノテク分野での初のpublishになりました。

 

Copper Oxide Nanoparticles Reduce Vasculogenesis in Transgenic Zebrafish Through Down-Regulation of Vascular Endothelial Growth Factor Expression and Induction of Apoptosis

 

ナノ粒子の利便性・危険性がともに注目されていますが、いろいろなナノ粒子をゼブラフィッシュ稚魚に投与し、そのうち酸化銅ナノ粒子が血管新生を阻害する作用があったという報告。

 

 

今まで縁のなかったナノテク分野ですが、今回の共同研究を通してナノ粒子の調製方法の大変さを知りました。


共同研究の皆様、ありがとうございました。

0 Comments

Thu

25

Sep

2014

ライデン大学での学位審査会

今日は同じラボに所属している大学院生の学位審査会、PhD Defenceに出席しました。

 

場所はライデン大学本部、Academiegebouwでした。以前行ったライデン大学植物園のすぐ側です(シーボルトが持って帰った日本の植物も多く生えているHortus Botanicus Leidenという名前の植物園です)。

 

400年以上前、スペインから独立した際に建てられた古い建物の中で行われました。いつもここだそうです。

 

独立以降のライデン大学学長の肖像画が並ぶ中、前に円卓があり、そこを囲むように教授陣が座ります。その真ん中に評価される大学院生と指導教官2名が座ります。

 

古めかしいコスプレをした髭のおじいさんが杖をつき、1時間の話し合いが始まります。評価する教授が次から次へ質問し(時にオランダ語だったのでときどき内容がわからなくなりましたが)、それに対して学生が答えていきます。

 

1時間経つと、まだ教授陣が質問中にもかかわらず、さっきのおじいさんが部屋に入ってきて、杖をドンドン、大声でオランダ語を言うと、Defenceは終了。

 

教授陣は出て行き、しばらくすると(外で学位にふさわしいか話し合いをしている、ということになっているらしい)学位証を持って現れます。そして授与式となりました。

 

なかなか日本ではありえない学位審査会で面白かったです。


 

また、研究成果をちゃんとした本1冊にまとめて、参加者全員に(おそらく在庫もあわせて500冊は製本したかと)配る、というのも少し驚きました。もちろん私も事前に1冊いただきました。

 

Dank je wel!

0 Comments

Fri

19

Sep

2014

The FASTEST rejection in my career.

留学期間で自由になる時間も日本にいる頃より増えました。そこで、たまっていた研究成果をどんどん論文にしています。

 

今年もあと3ヶ月切ったので、そろそろラストスパートという感じで、得意の肥満ゼブラフィッシュで栄養学のleading journalへ夜中に投稿しました。

 

投稿して6時間後、朝起きると雑誌社からメールが来ています。

何か不手際(Figureの解像度が低いとか、たまにやらかします)でもあったかな・・・と思ってメールを開くと、


Editorial rejection!


ちょ、6時間でリジェクトですか!はえーっ!!

 

まあ雑誌のテーマに合っていなかったから、しょうがないといえばしょうがいないんですが・・・。

 

落ち込んでいる暇はない(というかむしろ笑えます)。

とっとと次の雑誌への投稿準備を始めます。

0 Comments

Sat

13

Sep

2014

Zebrafish xenotransplantation model for cancer stem-like cell study and high-throughput screening of inhibitors

日本に残してきた学生さんが、見事論文をpublishしました。

(おかげで2nd authorには入れました)。


まだ現役の身としては、早く自分のFirst authorを出さないと!!

0 Comments

Fri

12

Sep

2014

Effects of Yuzu (Citrus junos Siebold ex Tanaka) peel on the diet-induced obesity in a zebrafish model

肥満ゼブラフィッシュにひたすら柚子の皮や、柚子オイルの搾りかすを与えた研究成果が、Journal of Functional Foodspublishされました。

 

簡単に言うと、皮だろうが搾りかすだろうが、何でも柚子とついたものを食べれば痩せるというお話。でも作用メカニズムが違うよーん、という内容です。

 

今は別のラボに行った後輩との共同研究です(つまり実験はせず、論文書きを手伝っただけです)。

 

あるReviewerがしつこくreviseを求めてきて(計4回)、もうええ加減にせいやーっと(そしてけっこう気に入ってもらってる?とか)思っていましたが、ちゃんとpublishされました。

 

ありがとうございました。

0 Comments

Sat

16

Aug

2014

ZMYND8 as a novel promortor for tumour angiogenesis

アクセプトから1週間も経たないうちにpublishされました。

さすがFEBS、早い。

 

人間の前立腺がん細胞をゼブラフィッシュに移植し、DNAマイクロアレイで発現量が変化している遺伝子を探索、さらに臨床のDNAマイクロアレイデータと比較して、見つけてきた新規腫瘍血管新生促進遺伝子、ZMYND8の論文です(文章が長い?)。

 

 

ゼブラフィッシュを用いたガチの癌研究成果なので、けっこううれしいです。

0 Comments

Wed

13

Aug

2014

ラッシュアワー!

寮の部屋を掃除し、鍵を返しました。さようなら、青春の日々
寮の部屋を掃除し、鍵を返しました。さようなら、青春の日々

ということで、共著者としてのreviewがpublishされました。

 

Zebrafish as a systems toxicology model for developmental neurotoxicity testing.

 

同じ教室に属していたよしみとして、共著者に入れさせていただきました。

ありがとうございました。

 

 

さ、自著論文を増やさなきゃー。

 

 

 

日本の大学を離れてると、実験と論文書きに割ける時間が増えてとてもうれしいです。

0 Comments

Mon

11

Aug

2014

Accepted! part2

電子ピアノ買いました。日本製なので、日本で買うより高い
電子ピアノ買いました。日本製なので、日本で買うより高い

ということで、FEBS lettersにリバイス投稿中の論文がアクセプトされました。

 

日本での研究成果だったので、(諸所の事情により)追加実験ができない状況だったので、無事アクセプトされて安心しました。

 

でも、実はCancer Reser...にMajor revisionだったので(オランダでは実験できないので見送った)、少し残念だったです。

 

 

しかし、IFは低くても名門FEBSグループ、ありがとうございました。

 

 

 

あ、そうそう一見second authorですが、equallyで1stになっているのはご容赦くださいませ

(誰に対して!?)

 

0 Comments

Fri

08

Aug

2014

Accepted!

新居のセットアップは続きます。IKEA家具だらけです・・・
新居のセットアップは続きます。IKEA家具だらけです・・・

4回もリバイスさせられた論文がやっとアクセプとされました。

 

自分がfirstなら4回も・・・と思いつつ、secondの割にはけっこう対応したのに、つむじ曲がりなeditorには困ったものでした。

 

 

まあIF4点台の雑誌なら、こんなものなのかもしれない。

以前のInternational Journal of Obesityがラッキーだったのかも。

 

 

そろそろ投稿中の他の論文の結果が知りたいなー。

0 Comments

Tue

01

Jul

2014

初デルフト&博士学位審査会

たまには文字だけブログ。

 

シーボルト会で知り合ったデルフト工科大の学生さんのPhD Defenceを見に、朝からDelftへ行きました。

 

ライデン駅に行くまでに同じ目的の知人に会い、自転車を電車に載せることを教わり、さらに道にも迷わず行けました。

ラッキーでした。

 

なかなか面白かったです。

 

祭祀の杖を持ったハリーポッターファッションのおばあさんが入ってきて、いきなりその杖をドンドンとしたら、開始の合図。若者達がガヤガヤしていた会場は静まり返ります。

 

ちょっとした小冊子になっている博士論文をあらかじめ、外部と内部の評価者に渡してあるらしく、その方達がまたもやハリーポッターのような扮装で入場してきたかと思うと、プレゼンなしでいきなり質疑応答。

もちろん英語ですが、なぜか最初の一言だけは質問するほうも答えるほうもオランダ語(だと思うけどラテン語なのかも)。

 

けっこう議論が激しく、時間がかかりそうだなーと思っていたら・・・

 

1時間経った段階で、ある教授が質問中にも関わらず、あの祭祀の杖を持ったハリーポッターファッションのおばあさんが会場に入ってきて、杖を床でドンドンと打ち鳴らし、いきなりDefence終了。

 

評価者たちは部屋から出て行き、10分後には戻ってきて、博士の学位を認めると宣言。

 

 

その後、別室でお菓子やケーキを食べながら、談笑。

 

 

不思議な世界でした。だいぶ日本の大学とは違います。

0 Comments

Thu

26

Jun

2014

LUMCとの共同研究

新居近くの公園
新居近くの公園

LUMC (Leiden University Medical Center、いわゆるライデン大学附属病院)の癌研究者との共同研究がいよいよ本格的に開始しました。

 

相手の病院担当者はPhD、理学部担当者である自分はMD (PhD付)。

所属と肩書きが互い違いになっていました。

 

 

さ、楽しまさせていただこーっと。

 

 

家族が来るため、アパートを探していました。

ついに気に入った物件を発見。7月中旬には引っ越す予定です。

大学や中心街から遠くなるけど、大きな公園(牧場付)や子供の学校が近くにあるし、よさげなところです。

0 Comments

Fri

23

May

2014

半年ぶりのFirst author

こんな感じです

半年ぶりのFirst author

 

オランダに来てから遊んでばかりじゃないところをビシッと一発。

Zebrafish-Based Systems Pharmacology of Cancer Metastasis

 

・・・でもreviewだったりします。ま、そろそろreviewも書いとかないとね。

 

2年前にNational Autonomous University of MexicoMartha Robles-Flores教授に頼まれて書いた原稿でした。Martha教授は以前、国際共同研究を三重大としようとしたときに尽力していただいたのですが、私の力及ばずグラントが取れなかったのにも関わらず、いろいろお世話してくれます。

本当にありがたいです。Muchas gracias!

 

そそくさと書き上げて送りましたが、1年ほど何も応答がないなぁと思っていたら、日本出国前(4月中旬)から急に校正の依頼が怒涛のようにやってきて、結局オランダに入国してから(〆切を延長してもらって)書き上げました。

 

特にパスウェイ図の解像度が足りないから作り直せ、といわれたときには、「こんな作業は研究者の仕事じゃないわー」と半泣きでIllustratorに向かっていました(ええ、自分で作った図には最後まで責任を持つのが研究者の基本ですとも)。

0 Comments

Thu

01

May

2014

大学のPCにプリインストールされているソフト

市役所の中
市役所の中

今日は大学PCにプリインストールされているソフトを調査しました。

 

Serial cloner

plasmid構築などができるDNAエディター、フリーソフトです。こんなものがあるとは知りませんでした。ApEを使っていた私って・・・。

 

GraphPad Prism

これまでグラフと有意差検定は、Excel+Excel統計(StatCel2)でしていましたが、この1つで両方ともできます。簡単に論文に掲載されているような本格的な、ある意味おしゃれなグラフが作れます。しかも作成したグラフ画像は拡大や縮小しても画質が乱れない優れもの。お値段、約10万円。 さっそく半日くらいかけて、練習がてらGraphPad Prismを使ってグラフを書きました。

 

Adobe Web Premiar CS5 (IllustratorをはじめTeam Adobeが全部入っている)

かなり豪華です。Illustratorで書きかけの論文のFigureを作ったら、自宅のCS3では開けませんでした。がっくし。

 

あとはもちろんMS Officeフルセット、DropBoxやSkype、FirefoxとChromeなどの基本セットがインストールされていました。 なかなかサービスがいいです。

しかし、Cドライブが保護されているので、新しいソフトをインストールできません(申請すればできるのかも)。そしてWindows Xp・・・。

 

 

同室の研究者が、自分が担当している出来の悪い学生の愚痴を言っていました。どこの国でもある話らしい。そしてそういう学生を受け入れて部下に回す教授も同じですね。 夕方に

 

Spotlight seminarに参加しました。同じ教室の人が発表したのですが、なかなか充実した研究内容で驚きました。

 

* 写真は市役所の中。BSNナンバー受付中に撮影しました。外見とは反対になかなかモダンです。

0 Comments

Tue

29

Apr

2014

適応開始

今日から1人で実験を始めました。

といってもまだこれからメインで使用する機械の操作練習の準備です。

細胞培養と採卵セット、日本にいた頃に比べたらたいしたことをしていませんが、ほぼ1ヶ月ぶりの実験ということもあり、とても楽しかったです。

明日からがさらに楽しみ。

 

さて・・・

毎日のランチの時間は、同室の若い指導教官(オランダ人らしい背の高いイケメン)が食事に誘ってくれます。皆(といっても若い人たち)はカフェスペースに集まり、一緒にお弁当を食べています毎日一緒に食べていますが・・・英会話がわからない。若い人たちが雑談し、ときどき笑う。けっこう一生懸命聞いているが愛想笑いしかできません。

なので、こっちも結果的に最初に輪に加わるときに言う「Hi」しか言わないときも多くなります。

それでもある意味、英語の修行だと思って参加しています。まあ、正直「つらくないと言えば嘘になるけどー」って感じでした。

 

でも、今日は1人で実験している間、「この実験器具はどこにあるの?」といった質問をしながら、いろいろな人たちと話しました。

どうも英語がそんなに得意じゃない(自分と同じくらい)の人たちも多いみたいです。このラボには、カフェスペースなどでだべっている英会話堪能人種以外にも、そうじゃない人たちがたくさん潜んでいる(言い方は悪いですが)ようです。

 

ついでに英語圏の人たちとも、1対1ならけっこう楽しく話ができることがわかりました。ある女性は一見気難しそうに見えていましたが、話すとかなり面倒見のよい人だったり・・・。

 

コミュニケーションって大事だなあと思った一日でした。

 

* 写真はTrek製のママチャリ、日本では見られないと思うのでパシャリ

0 Comments

Tue

15

Apr

2014

ライデン大学に異動

遅ればせながら研究留学しました。

4月よりオランダのライデン大学、分子生物学教室で働いています。

sabbaticalのようなもので、三重大の研究休職制度(留学している間は休職とみなされる)を利用しています。いわゆるvisiting scientistです。

 

それにあわせて、ブログのタイトルを変えました。

 

7月末までは独身なので、いい年して学生寮に入っています。なかなか居心地が良いです。

 

これkらはオランダでの研究生活をメインに、その他気づいたことを徒然に書いてまいります。

 

 

* 写真は生物学部の建物Gorlaeus Laboratoryの正面にあるキャンティーン(食堂)。なかなか斬新なデザインです。

0 Comments

Fri

24

Jan

2014

新たな白血病幹細胞治療薬の高速探索法開発に成功

ということで、さっそく白血病幹細胞移植ゼブラフィッシュのネタで記者会見。

 

多くのメディアに掲載していただき、まことにありがとうございました。

癌撲滅を目標に研究している私には、大きな励みになりました。

 

次回作に乞うご期待!!

 

0 Comments

Wed

15

Jan

2014

レモン由来エリオシトリンはミトコンドリアの活性を上げて脂肪肝に効く、という論文

いいことは続くもので、同じ日に2報Publish。


こちらはScientific Reportsから、しかもちょっと嬉しいEqually first author


ポッカサッポロフード&ビバレッジとの共同研究の成果をまとめたものです。そして、そこから来られていた大学院生の学位論文になります。

いやあ、めでたい、めでたい。


Eriocitrin ameliorated diet-induced hepatic steatosis with activation of mitochondrial biogenesis.


レモンに多く含まれているeriocitrin(エリオシトリン)を肥満ゼブラフィッシュに与えたところ、脂肪肝が良くなった。DNA microarrayで解析したらミトコンドリアの生合成が増加していた(エネルギー産生があがっている、つまりカロリーをよく使うみたいなイメージ)。


んでもって、さらにヒトの肝臓細胞でエリオシトリンの作用とメカニズムを(ちょっと)証明した(メインはゼブラフィッシュですから!)。


論文書き以外にも、最後のヒト細胞での実験を含め、実験かなりがんばりました。

なので嬉しいです。

でも、もう少し格上の論文でもよかったような・・・という研究者にありがちな欲が出てしまいます。


まあ、もう出国間近なので、しょうがないのですが・・・。



これで残っている大学院生はあと何名だっけ??


Wed

15

Jan

2014

ゼブラフィッシュを用いた癌幹細胞スクリーニング論文

Plos oneにPublishされました。


Quantitative phenotyping-based in vivo chemical screening in a zebrafish model of leukemia stem cell xenotransplantation.



ある製薬企業との共同研究のために開発した技術を論文にまとめたもの。

残り少ない日本滞在期間に、これで弟子1人の学位が取れたので嬉しいです。

えーっと、あと何人分だっけ??


人間の白血病細胞から癌幹細胞(白血病幹細胞とも言う)を抽出し、ゼブラフィッシュ稚魚に移植、それを96-well plate内で飼育し、経時的にハイコンテンツイメージャーで撮影していく、というもの。培養細胞系ではよく行われている実験だけど、癌移植ゼブラフィッシュを生きている状態で画像解析していったのが眼目(だと思いたい)。


また、癌幹細胞は含有量が非常に少ないので、マウスなどの動物では移植しきれない、移植してもがん細胞が増加するまで長い時間がかかる(1ヶ月以上)という問題点、ゼブラフィッシュだと軽やかにovercomeしたというのも売り。

ちなみにゼブラフィッシュのサイズは3mm、マウスの1000分の1以下。



0 Comments

Sat

30

Nov

2013

メタボ予防につながるか 肥満遺伝子発見

http://news24.jp/nnn/news86216718.html

 

メタボリックシンドロームの予防や治療につながるかもしれない遺伝子が見つかったことが29日、三重県津市の三重大学で発表された。三重大学大学院・田中利男教授の研究グループの発表によると、新たに発見されたのは肥満遺伝子「MXD3」。田中教授のグループは熱帯魚を使った肥満の研究を行っており、今回、肥満になった熱帯魚の体内からMXD3を減らすと体重や内臓脂肪が減少する効果を発見。さらに、この遺伝子が人間の肥満にも影響している可能性を証明したという。肥満遺伝子の発見は将来的に、メタボリックシンドロームの予防や治療薬の開発にもつながるといい、今後の研究が期待されている。

[ 11/29 19:34 中京テレビ]

取材ありがとうございました!!

0 Comments

Thu

21

Nov

2013

1年ぶりのFirst author

Downregulation of max dimerization protein 3 is involved in decreased visceral adipose tissue by inhibiting adipocyte differentiation in zebrafish and mice

ひさしぶりのFirst author。大学院生の論文書きばかりの中、自作を出せたことが少し嬉しい。

 

 

肥満ゼブラフィッシュが人間の肥満対策・治療薬開発にどこまで迫れるか、これからもがんばっていきます!!

 

 

International Journal of Obesity (20 November 2013) | doi:10.1038/ijo.2013.217

0 Comments

Tue

23

Apr

2013

Accepted!

受精後4日目のゼブラフィッシュ
受精後4日目のゼブラフィッシュ

ゼブラフィッシュで心臓関係をしている後輩がついにMolecular Biotechnologyにアクセプトされた。

 

よかった、よかった!

 


1 Comments

Wed

27

Feb

2013

Accept!!

これが臧先生
これが臧先生

今日、共同研究者がZebrafishに投稿中だった論文がAcceptされたとの連絡が来た。

いやあ、よかった×2

Reviseに付き合った甲斐がありました。

 

臧先生、お疲れ様でした。

 

詳細は後日、雑誌からpermissionが出てから~!

1 Comments

Mon

31

Dec

2012

A High-Throughput Fluorescence-Based Assay System for Appetite-Regulating Gene and Drug Screening

蛍光パラメシアを摂食したゼブラフィッシュ
蛍光パラメシアを摂食したゼブラフィッシュ

年明けかなと思っていたら、もうPublishされていました。
さすがはPLOS ONE、on line journalだけに早い早い。

蛍光色素で染色したゾウリムシを食べさせることによって、ゼブラフィッシュの摂食量を測定するというMethods paper。でも、遺伝子ノックダウンやらmRNAレスキューやら、人間用の食欲調整剤を投与して下流の遺伝子発現を解析したり、行動解析して試験化合物の毒性評価の系をねじ込んだりとか、それなり盛ってあります。

 

共著者および実験を手伝ってくれた方々(特にreviseの時)に感謝の意を述べさせていただきます。


Thank you!!

0 Comments

Wed

12

Dec

2012

High-content imaging

今日はHigh-content imagerのseminarに参加する。といっても単なる視聴のみ。
Screening researchの宿命ともいえるが、innovationを打ち出せているpresentationは少なかった。

自分も頑張らないと。早くscreening paper書こっと。

0 Comments

Fri

30

Nov

2012

Accept!!

燃える心の炎をイメージしてみました。

というわけで9月のMajor reviseを乗り越え、なんとかPLoS OneにAcceptされました。
そしてequally contributed(しょうがないよねー)を除くと、2009年依頼のfirst author。

最初はMethodology paperのつもりで書いていたので、一応scientific journalに入れたので、ほっと一安心。

前回よりいい雑誌に載せられて、本当によかった。


そして、現在投稿中の論文に幸運が訪れますように!!

0 Comments

Sun

16

Sep

2012

Major revision...

ちょっとボストン行ってきました。
ちょっとボストン行ってきました。

というわけで投稿中の論文がMajor revision。
アイデアはよいという評価をもらったが、full paperとしてはデータが不足しすぎ、とのきつーいお言葉。このままじゃあ、Methodology paperとして投稿しなおせとのお達し。

ま、まけないんだからねっっ!!

というわけで残り40日。できるだけ詰めていかないと。

0 Comments

Tue

21

Aug

2012

Whole Organism Dye Screening

共同研究先との仕事がまたpublishされました。

 

In vivo assessment of the permeability of the blood--brain barrier and blood-retinal barrier to fluorescent indoline derivatives in zebrafish.

 

私がメインの研究成果ではないのですが、こことの仕事でWhole Organism Chemical Screening (この場合はdye screeingというべきか)の世界に入りました。

 

さあ、そろそろガツンと成果を連発していきます!!

0 Comments

Thu

09

Aug

2012

Green tea extract suppresses adiposity and affects the expression of lipid metabolism genes in dietinduced obese zebrafish

というわけで先日、やっとこさ論文がpublishされました。
2012年も折り返して数か月、ようやく1報目です。ペースが遅すぎる・・・。

緑茶由来のカテキンを多く含む分画が食餌性肥満ゼブラフィッシュに効く、という内容。
実は似たような内容で、カンパリトマトが食餌性肥満ゼブラフィッシュに効く、という論文を出していたので、そのシリーズものになります。


まあ、人間ですでに緑茶がダイエットに効く!とされているので、ある意味確認実験ですが、実はこの論文の売りは、ゼブラフィッシュのCT撮影技術の開発にあります。

RIGAKU社の動物用CTを改造したものを、大学に購入してもらい、やっと内臓脂肪が計測できるようになりました。ここにいろいろつきあってくださった皆様に感謝の意を表します。

Thank you!!

0 Comments

Wed

04

Apr

2012

Get a grant!

今年に入り、少し論文書きに力を寄せようと意識していたため、あえてグラント獲得の労力を減らしていた(もちろん共同研究は力は抜きません)。
しかし年度が新しくなるにつれ手持ちのグラントがなくなり、次第に不安になってきていた矢先に・・・


科研費が通りました。ほっ。


やっぱりグラントはある程度持っていないといけないね、うんうん。

0 Comments

Thu

02

Feb

2012

忙しそうだけど・・・

リクガメ欲しいなぁ
リクガメ欲しいなぁ

前のブログにも書いたが、やはり年度末はこういった稼業でも忙しい。
実験(自分の実験、新しい実験助手の教育、学生の相手)、授業や試験(なぜか年度末に多い)、決算、報告書、申請書、論文、学会・・・今年はルーチンの年度末業務に加え、セミナー発表や共同研究会議が入ってくる。

でも落ち着いて考えると、それでも毎日家に帰れるし、週末は子供の世話でもそれなりにできている。
医者をメインでやっている頃に比べると、全然暇である。

会議に来る人たちは東京や大阪など遠くから来て、昼から夕方までみっちりと話し合うが、彼らも朝家を出て、帰る頃には夜遅くになっているはず。

まあ、そう考えるとそんなに忙しくないのかなー。

でも今日は早く帰るぞ!!

0 Comments

Sat

14

Jan

2012

年度末は忙しい

Googleのtopは面白いなぁ
Googleのtopは面白いなぁ

年度末は忙しい
共同研究の中間報告(データ解析からしないといけない)、グラントの収支簿・報告書作成、新年度のグラント申請書類作成、新しい実験助手の教育訓練、入試関係、学部生への実習授業、そして・・・学内講演会の準備(ボスがいきなり指名してきた)が襲ってきた(⌒▽⌒;) 。
最後に3月はシンポジスト発表。

さらに、これら通常(?)業務に加え、明るい未来のために自分の論文と院生2名分の論文も出したいところ。

さあ、盛り上がってまいりました!


まあ、この業界、ある意味自由業なんで忙しいうちが花なんですが。。。

0 Comments

Fri

30

Dec

2011

Transcriptome analysis of anti-fatty liver action by Campari tomato using a zebrafish diet-induced obesity model.

Today, we have published our new article about food evaluation using diet-induced obesity model of zebrafish (DIO-zebrafish), "Transcriptome analysis of anti-fatty liver action by Campari tomato using a zebrafish diet-induced obesity model." in Nutrition & Metabolism.


I wrote almost all in this article and joined as equally-contributed author.
Now we're conducting another screening studies with this DIO-zebrafish with chemicals and natural components. We're in preparation for the next article with the combination of DIO-zebrafish (in vivo) and human cells (in vitro).

T.K. Evolution Farm in Kumamoto, Japan
T.K. Evolution Farm in Kumamoto, Japan

p.s. Thank you so much Mr. Ide to grow special tomatoes!!

0 Comments

Fri

23

Dec

2011

A novel protocol for the oral administration of test chemicals to adult zebrafish.

Today, we have published our new article about oral administration of test chemicals to adult zebrafish, "A novel protocol for the oral administration of test chemicals to adult zebrafish" in Zebrafish.


This protocol was invented for the chemical screening using diet-induced obesity model of zebrafish, we have previously published in 2010.

And now we're developing new protocol for measuring feeding volume to estimate the effect of chemicals in larvae.

Mon

19

Dec

2011

分子生物学会~publish!!

窓から見える風景、ここは本当に日本か?
窓から見える風景、ここは本当に日本か?

分子生物学会に学生を発表させる&共同研究を成立させるという理由で出席した。
自分が発表しないので気分はかなりラクだった。

あまりにもラクだったので・・・論文をpublishしてしまいました。
会場の無線LANが使えたので、Figureの校正をして公開ゴー!!

Transcriptome analysis of anti-fatty liver action by Campari tomato using a zebrafish diet-induced obesity model.

さあ、次はもちょっとIFを上げていくぞ!!

0 Comments

Thu

08

Dec

2011

新しい実験助手さん

Bossのおかげで新しい実験助手さんを雇うことになった。

よく新人が来ると、教育で大変でしょう、と思われがちだが、教育=実験なので、先週から一日中、自分が実験していることになっている。

疲れるけどデータが集中して出るので、それはそれでいいかも。

夜中に論文書くので昼間眠いけど、新人さんに教えながら実験しているから眠れないし。

来週は学会ウィーク、楽しみだ。

0 Comments

Sat

03

Dec

2011

感謝

大学で飼っているペット。どん欲に行こう!!
大学で飼っているペット。どん欲に行こう!!

Firstになる予定の人が長い間、書ききれなかった論文をもらうことにした。
けっこう抵抗するかなぁと思って提案したが、比較的すんなりいただけた。

追加実験もほぼ完了したし、ちゃっちゃと書いて投稿します。

0 Comments

Wed

30

Nov

2011

Accept

Accept in Nutrition & Metabolism...

0 Comments

Mon

28

Nov

2011

Revised submission完了!!

子供が書いたのかな?
子供が書いたのかな?

これでacceptされたら、やっと大学院生1名、仕上がったことになる。
equally contributedにしたのは半分シャレだけど。

0 Comments

Sun

27

Nov

2011

40にして・・・

家をリフォーム中。こう見ると大きく見えるな。
家をリフォーム中。こう見ると大きく見えるな。

・・・迷わず、だったけ?
いろいろ紆余曲折が多い人生だけど、そろそろ頑張らないとやばい年になっていた。

グラントが1つ終わるし、少し運営関係の仕事が減るから、論文を書きまくらないと。
ちょうどボスが実験助手を雇ってくれることになったし、チャンスだ。

0 Comments

Sat

19

Nov

2011

自動分注機

動画のupload test。
こないだ買った自動分注機です。

0 Comments

Wed

16

Nov

2011

Minor revision完了までの道のり

うちの大学の学生さんが作った魚類標本
うちの大学の学生さんが作った魚類標本

以前、fantastic manuscript!とminor journalに褒められたmanuscriptのminor reviseが完了した。Microarray dataのGO解析やqPCRを付け足し、隠していた実験データ(いらないかなと思って出していなかった)をfigure化しただけである。

さてこれからがめんどくさい仕事の始まり。

まずCover letterを書き直して
reviewerの質問(あるいはsuggestion)への答えをリスト化して書いて、何ページの何行目に書き加えた云々とねちねち書いて
それから英文校閲・・・

Nativeはいいなぁ~~

Wed

09

Nov

2011

意外と戦場だった

いつも恒例のGoogle Top
いつも恒例のGoogle Top

久しぶりの学会発表。最近、学生ばかり発表させて自分が発表する機会が減ってきたが、今回は地方会なのに教室内から誰も発表者がいなかったので、自分が新ネタで出陣。

地方会、ということで座長の1名はボスだし少し気が楽。でも新ネタだから気合を入れないと、最初が肝心だ、ウンウンとか思いながら比較的しっかり準備した。

そして発表当日。
自分の前の人たちの発表に対して、妙に攻撃的な質問を放つボス。あれ?この人たちの指導教官はボスのお隣に座っているもう1人の座長の先生では???
同じ座長をやっている先生のチームの発表にそんなに攻撃的になるということはいいのか???



・・・ええ、自分の発表の後に、しっかりお返し質問が連発で襲ってきました。
笑顔で答えましたが、座長の先生は笑っていません。

しっかり切り返したつもりです。

予想外の戦場を提供していただいて、ありがとうございました。

0 Comments

Sat

05

Nov

2011

細かいお仕事、でも少し楽しみ

GoogleのTop画面、最近がんばりすぎやろ~
GoogleのTop画面、最近がんばりすぎやろ~

以前話の出ていた後輩の論文がreviseになった。まずは一安心というところ。IFがかなり低いけど、前から興味がある雑誌だったので、Publishされるのが少し楽しみだったりする。

0 Comments

Fri

28

Oct

2011

受験!?

ロダン@修理中、ちょっとめずらしい!?
ロダン@修理中、ちょっとめずらしい!?

ボスから今後のライフプランについて説教を受けた。

もう40だし、そろそろ覚悟を決めて受験体制に入ることにした。

えらいこっちゃやで~~

0 Comments

Tue

25

Oct

2011

Revenge

久しぶりに3階のテラスで一休み
久しぶりに3階のテラスで一休み

先週の金に3連敗した実験を条件を変えてやり直してみた。

1勝くらいはできそうな兆しが・・・

明日もやろっと。うふふ。

0 Comments

Sun

23

Oct

2011

感謝感謝

もうすぐグラントが切れてしまうので、雇っている実験助手を解雇しないといけない・・・どうしよ~~、なんて悩んでいたら、うちのボスが「雇う」との一言。さらに「もう1人追加する」との神の声。

どうも景気がいいらしい。

本当にありがとうございます。きちっと成果を出します!!

0 Comments

Sun

23

Oct

2011

Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery

アリゾナ行ってきました。暑くて毎日プール入ってました~
アリゾナ行ってきました。暑くて毎日プール入ってました~

今度の月曜日のJournal mtgの担当になっていたので、夜中に1回目のreadingをした。

所詮、nature groupのreview、あ~でもないこ~でもない論文だろうと思ってなめてたら大変だった。

大変だった点
1) 非常に格調高いイギリス英語だったこと。学生でもないのに知らない単語が続出でまいった。
2) in silico chemical biologyの解析法が多く、見慣れない解析だったので理解に時間がかかった。しょせん、journal mtg、さらっと流してお茶を濁そうと思っていたが、SOSAとかSARとか概略ですら理解するのに手間取った。ま、自分はchemistじゃないしね。
3) 今、自分がしている(正確には学生がしている)chemical screeningのstrategyがこの論文では「よくない」とされていること。

がびょ~~~ん。

そりゃあ、まがいなりにも医者だから2 hits theoryが病気を考えるときに重要なのはわかっていたが、screening時にもmodelに対して2-hitsを導入するべきだったとは・・・まいったまいった。

0 Comments

Sat

22

Oct

2011

1日で3連敗

実はBiotechnology開発系の研究が好き。最近、少し始めている技術開発があって、1発目は自分でも信じられないほどうまくいったので、調子にのって2発目の開発を開始した。

昨日はその実験をしたが・・・予想に反して失敗。検出法を変えれば何とかなるかもとまた失敗。
それならば検出剤を変えればと別の試薬に切り替えたら、お、データが出た!!

やったー、と思いきや、データを解析すると・・・失敗。

貴重な1日を失敗の嵐で費やしてしまいました。これなら科研費申請と論文でも書いてりゃよかった・・・

0 Comments

Fri

21

Oct

2011

The deadline is coming!

Googleもハロウィンだったわ
Googleもハロウィンだったわ

科研費の申請〆切が迫ってきている。でも気分転換にrevised paperの書き直しをしてたりして・・・ 今日は金曜に引き続き、Family matterでまた名古屋に。でも電車なのでノートPCで書き物ができる~

0 Comments

Thu

20

Oct

2011

Veterinarian for fish import

アパートが手狭になってきたので中古物件を買いました
アパートが手狭になってきたので中古物件を買いました

というわけでまたもや運営関係。
本当に目の前のハエを追い払うのに追われる日々だ。

癌の研究で興味のある遺伝子のmutation fishが海外の共同研究先にあったので、輸入手続きをしている。

こっちの副学長のサインももらったし、向こうのBossによる申請書類チェックも大丈夫。あとは魚が来るのを待つだけだ。検疫よ、魔が差さないでくれ~~

ところが今日、知らない米国人からメールが到着。あやうく迷惑メールかとおもって無視するところだったが、タイトルが「Zebra fish」。zebraとfishの間にスペースを空けるから、思わず「お前はイギリス人か」と突っ込みながらメールを見ると・・・

「お前の施設のveterinarian(獣医)の連絡先を教えろ、いろいろ説明したい」とのこと。

うちはmedical schoolだからそんなもん、おらんっちゅうの。だいたい魚を飼うのに獣医が必要なんて、動物愛護精神すぎるっちゅうの。

どうしたもんだかな~と考えながらも素直に実情(自分とfish manager、実は実験助手が魚を管理している)を説明し、それでもだめなら大学内を探しまくるが、獣医学科がない大学なので見つける自信がないと伝えた。

さぁて、どうなることやら・・・

0 Comments

Tue

18

Oct

2011

プチ嵐

寝違えたのか朝から腰が痛い。

午前中、普段なら長くても2時間で終わる教室内セミナー(いわゆるJournal seminarとresearch meetingが合体したようなもの)がなんと3時間越え、午前中がほとんど費やされる。

昼から学生が5人、共同研究先が2人、そして普段は若頭として頑張ってもらっている博士課程学生に新しい実験を教え、これまで自分1人で抱えていた研究に新たに大学院生1人に入ってもらうためにその人に実験指導。

グラントの中間報告書の〆切が今日だったので夕方大慌てで書いてメールで提出。

ボスが共同研究先にサンプルを要求するのでデータを提出しろと電話襲撃してくる。

久しぶりにマジで忙しかった。腰が痛い。
実験データはよかったので万事OKなのだが。

0 Comments

Sun

16

Oct

2011

This is a fantastic manuscript worthy of publication

僕まか!、最近お気に入りのゲームです
僕まか!、最近お気に入りのゲームです

IF2点台の雑誌だけど、reviewerから表題のようなコメントをいただいた。

equally contributedの2nd authorなので(実験は大学院生、研究デザインと文章は自分という形式)、正直うれしいというよりは、ほっとした。

・・・でもrevisedだったりして・・・

Sat

15

Oct

2011

Assignment(権利譲渡書)

何か釣れるかな?
何か釣れるかな?

職能発明で大学が出願人になる際、権利を大学に譲るのを英語でAssignmentというらしい。

最近、うちの大学でも留学生が増え、彼らの成果を特許申請する機会が増えてきた。企業との共願になりそうな案件なので、押さえのために英語文書でのサインを要求することにした。

で、大学にあったそのテンプレートを読んで、英語のお勉強(まあ、知財の方が教えてくれたのだが)。


なかなか勉強になったが・・・めんどくさ~~~い

0 Comments

Wed

05

Oct

2011

戦い

ほんと、GoogleのTop画面は楽しいなあ
ほんと、GoogleのTop画面は楽しいなあ

というわけで戦ってきた。
といっても共同研究先との次期研究計画立案の会議での話。

現場を知らない連中の希望通りに計画を立ててしまったら、「おたくの下請けか!?」というくらいハードな仕事人生になってしまうことに気づいてしまい、かなり抵抗した。

おかけで長い会議になってしまった。

ったく・・・

0 Comments

Tue

04

Oct

2011

さあパンドラの箱をあけるぞ

何かのサナギ、美しい蝶になるかなぁ
何かのサナギ、美しい蝶になるかなぁ

今日から新たな兵士が3名参加。

以前、中途半端に終わっていた抗がん剤スクリーニングを再開することにする。
「希望」は見つかるかどうか・・・

何かのサナギ、美しい蝶になるかなぁ

まあ、実はすでに別の実験系で独自ライブラリーから200個ほど回したところ、10個くらいHitっぽいのが出たので、勝算はあるはず。


今日から細胞培養技術指導を開始した。

若者よ、がんばれ~~

0 Comments

Sun

02

Oct

2011

もう10月

エモンガ、やばいよ~~!!
エモンガ、やばいよ~~!!

やばい、もう10月。今年度もあと半年しかない。
っていうか実質4か月くらいしか残っていない。

でも次のミドルサイズ(数千万)のグラントは来ていないし、論文もacceptが出ていない。


最近、グラントに落ちすぎているので、今年度後半は経済状況も顧みてグラント申請を控えて論文に集中することにする(共同研究もあるけど)。

やばい、やばい。

0 Comments

Fri

30

Sep

2011

Reject @@;

前回のfour suggested reviewerの論文の著者からメールが来た。
「わずか3日でrejectされました」


思わず笑ってしまいました。

論文内容と雑誌のテーマとのミスマッチが理由で(投稿する前に気づくべきだった、でもこの雑誌を選んだのはむこうの教授)、editor levelでのreject。
噂には聞いていたが本当にあるとは・・・

こっちとしてはお助け的な仕事だったので、そんなに悲しくないのですが、first authorはさすがに悲しそうでした。


さあて共同研究も年度末に向けて減ってくるし、そろそろ自分でもfirst authorで書こう!!

0 Comments

Wed

28

Sep

2011

共同研究

共同研究といってもいろいろある。

一番簡単なのは同じ大学の別の研究室との共同研究。意思疎通も良好だし、話も進みやすいが・・・研究費が少ないという問題点がある。

次に、他の大学との共同研究。これはこれでやりやすいが、やはりグラントが取れないとなかなか研究が進まない。

そして企業との共同研究。経済面ではよいことが多いが、うちみたいな地方大学ではいろいろ「縛られて」しまい、息苦しいときもある。やりたくない仕事研究をすることもある(あまりにひどいときは臨床に戻りたくなる)。

今日は新たなパートナーの可能性がある企業と初めての顔合わせ。さあ、これからどうなることやら・・・

 

 

寝る前に子供たちに本を2冊、2人で4冊読んでいる。かばんうりのガラゴはとっても面白かった。

0 Comments

Tue

27

Sep

2011

掃除(というか洗い物)

除を週2で皆でやっている。一番よくサボる(というか他の用事、たとえばジャンプの立ち読みなどで遅刻とか)のが自分。ときどき学生の怒りを買い、ためておいたガラスシャーレの洗浄をさせられる。なかなか大変だが、水仕事をしてもなぜか手が荒れない体質なので適任といえば適任。

最近、うちの大学は経費削減目的で井水を使いだしたので、洗浄後のイオン交換水リンスをしっかりしないと、カルシウム・マグネシウム塩が析出してざらざらになるので、でっかいビーカーにイオン交換水をたっぷり入れ、洗ったシャーレをぶち込む。


んでもって乾燥。今日は3段重ねにした。そういえば1枚もシャーレを割らなかった。今日は調子がいいのかも。

Mon

26

Sep

2011

Four Suggested Reviewers

共同研究先から連絡あり。


論文投稿時に必要だから、レビューワー4人の推薦が欲しいと連絡あり。

そんなにたくさんのレビューワーを投稿者側から推薦するなんてことがあるのかとびっくりした。


簡単なMethod paperでIFも低めのところにsubmitするから、海外の大御所を推薦するのも失礼だし、かといって日本人ばかりもあれだしなぁ・・・と悩みに悩んで、ボスのご友人にお願いすることにした。



通ればいいなぁ。


でも実質はほとんどsecond authorなのに政治的理由で後ろに回されたのには少し不満だったりもする。まあfirst authorはとってもいい友人なのでいいんだけどさっ。

追記(後日談)
「オンラインの投稿が途中で止まってしまう。助けてー」と本人がうちのラボにやってきた。投稿規定をよく読むと、ハイライトの原稿も用意しろとのことだった。めんどくさい雑誌に投稿したもんだ。

0 Comments

Sat

24

Sep

2011

第84回日本生化学大会4日目

諸処の事情により家を空けたくない(軟弱研究者)ため、2日目と4日目に出席するというイレギュラーな学会参加にした。

今日は夕方から発表があるため、午前中11時までは外来をしてタクシーと電車を駆使して京都へ行く。

次世代シーケンサーを用いたゼブラフィッシュ老化モデルの網羅的遺伝子発現解析


ひたすら年寄りのゼブラフィッシュをすりつぶしてNGSにぶち込んだもの。Sanger研にはもう少しgenome annotationをがんばってほしかった。
さぁて、これからどうwetでかたをつけるかな。



学会への移動中は論文を読もうと思っていたが、駅の本屋で買った「旅のラゴス」にはまる。こんな風に架空の主人公の人生を描き切るなんて、まるで作者は老人みたいだと思っていたら、筒井康隆ももう77歳。しかも今日はちょうど彼の誕生日。すごい偶然で驚いた。

0 Comments

Fri

23

Sep

2011

研究現場の管理

研究データやサンプル・試薬管理にLab secretaryの勧誘を受けた。以前も試したことがあるはずだが、記憶がない。5万円で管理ができるのは魅力的だけど、どうしたもんだか。なんだかめんどくさい・・・


自分のデータはOneNoteで管理しているが、プロジェクト全体としてはlablifeくらいで十分なんじゃないかと思う。あとTeraStationみたいなNASと(最近はI・O・DATAに浮気しているが)。
このlablife、わざわざうちの大学で使えるように申請までしたのにあまり真面目に使っていない。
CommunityにAddGeneのデータが登録されているのはとても便利だけど。

そして試薬・サンプル管理のバーコードシステム。本当は実験動物の管理もしたいのだが、モバイルが使えない安物(さすがにここでは書けない)を導入してもらったため、ほとんど自分専用になっている。

研究現場の管理は、結局はいかに自分が学生たちの研究内容を自分の脳みそで把握しているかにかかってくるなあ。

あ、MLも大事かな。でもこれもまた「メール&直接話をする」の併用が重要な気がする。Mailだと相手からの本当のresponseが来ないし、お互いの理解が浅くなるしね。

0 Comments

Thu

22

Sep

2011

第84回日本生化学大会2日目

第84回日本生化学大会の2日目に出席した。今日は聞くだけ。
お目当ては「疾患生物学―がん」のオーラルプレゼンテーション

なかなか勉強になりました。

もう少し自分(というか学生)のデータをブラッシュアップしないと。

残りの時間はポスターを見て、メーカーの展示鑑賞&粗品あさり。
 ポスターはまあよくわからないので気分を味わうだけ、メーカー展示はなかなか興味深いのが多く、よい情報収集の機会になりました。あと子供たちへのお土産(ぬいぐるみやマグネットなど)も収集。

夜、機能性食品関係のシンポジウムを聞きに行ったが、思ったよりも内容が・・・だったので途中退出(○都大の先生も質疑応答で・・・とお怒りだった)。


昼ごはんに京都駅の地下で食べた東洋亭のハンバーグランチがおいしかったです。「100年洋食」を看板にしているだけありました。サラダのトマトがこれまたおいしかった。

おっと忘れてた。
4日目(9/24 土)に老化の研究で、共同研究者が「疾患生物学―代謝/老化/生活習慣病」で発表します。
 そして同じ時間帯にBossがシンポジウム「オミックス創薬の新展開」をします。

0 Comments

Sun

16

Jan

2011

塩トマト論文

以前、NEDOマッチングファンドでお世話になった研究がようやく論文という形で世間に発表できて、ほっとした。



カンパリ種という日本では珍しい品種のトマトを、パンパンに太らせた肥満ゼブラフィッシュに食べさせると、ちょっとやせて、血中の中性脂肪が減って、さらに脂肪肝が治ったよ。そしてDNAチップでこの肝臓を調べたらsrebf1という脂質合成遺伝子群の転写因子の発現が減っていて、たぶんそれはその上流にあるfoxo1遺伝子の発現上昇によるものだろう。んでもってこれらの遺伝子を動かしているのはリコピンではなくベータカロテノイドかポリフェノールの何かじゃね?という内容。


さてこのカンパリ種、アメリカなぞにいくとよく見かける小ぶりの甘~いトマトなのですが、日本ではほとんど売っていない。サイズは小さいが桃太郎なんぞよりもっと甘くコクがある(アミノ酸が多いのかも)のに残念だ。

このトマトは1st authorであるデリカフーズ社の田井中さんが、熊本で栽培、販売されているものを見つけてきたのである。この地方は、ミネラルが多い干拓地でトマトを育てることにより、成分(含むうまみ)を濃縮させる「塩トマト」を作ることで有名である。さらに研究で使用したトマトは、 この地方の井手さん(T.K.EVOLUTION FARM)がEnza Zarden社のカンパリ種を特殊な技術とミネラル土壌でさらにうまみ濃縮栽培したものである。

このトマト、本当においしい。単に甘いだけでなく、こくがある。実験では凍結乾燥でパウダー化したが、この粉がまた甘くておいしい。ごはんにかけて食べられるくらいだ。

もうすぐ塩トマトの季節。楽しみ、楽しみ。

Thu

21

Oct

2010

Accept!!

Diet-induced obesity in zebrafish shares common pathophysiological pathways with mammalian obesity

 

Takehiko Oka, Yuhei Nishimura, Liqing Zang, Minoru Hirano, Yasuhito Shimada, Zhipeng Wang, Noriko Umemoto, Junya Kuroyanagi, Norihiro Nishimura and Toshio Tanaka

 

BackgroundObesity is a multifactorial disorder influenced by genetic and environmental factors. Animal models of obesity are required to help us understand the signaling pathways underlying this condition. Zebrafish possess many structural and functional similarities with humans and have been used to model various human diseases, including a genetic model of obesity. The purpose of this study was to establish a zebrafish model of diet-induced obesity (DIO).
ResultsZebrafish were assigned into two dietary groups. One group of zebrafish was overfed with Artemia (60 mg dry weight/day/fish), a living prey consisting of a relatively high amount of fat. The other group of zebrafish was fed with Artemia sufficient to meet their energy requirements (5 mg dry weight/day/fish). Zebrafish were fed under these dietary protocols for 8 weeks. The zebrafish overfed with Artemia exhibited increased body mass index, which was calculated by dividing the body weight by the square of the body length, hypertriglyceridemia and hepatosteatosis, unlike the control zebrafish. Calorie restriction for 2 weeks was applied to zebrafish after the 8-week overfeeding period. The increased body weight and plasma triglyceride level were improved by calorie restriction. We also performed comparative transcriptome analysis of visceral adipose tissue from DIO zebrafish, DIO rats, DIO mice and obese humans. This analysis revealed that obese zebrafish and mammals share common pathophysiological pathways related to the coagulation cascade and lipid metabolism. Furthermore, several regulators were identified in zebrafish and mammals, including APOH, IL-6 and IL-1beta in the coagulation cascade, and SREBF1, PPARalpha/gamma, NR1H3 and LEP in lipid metabolism.
ConclusionWe established a zebrafish model of DIO that shared common pathophysiological pathways with mammalian obesity. The DIO zebrafish can be used to identify putative pharmacological targets and to test novel drugs for the treatment of human obesity.

Fri

08

Oct

2010

Accept!!

早くも兵士1名がダウン!?
早くも兵士1名がダウン!?

といってもまたもやco-author。しかもthe 3rd author。

 

まあ、どうでもいいや。

 

さて問題は最近書いているちょっと苦手な循環器領域の研究。

実はequally contributed(firstが英語論文が書けないのだ)の論文をもう1つ書きかけで放置していたので2日前から推敲しなおしている。

ゼブラフィッシュ-ヒトのcomparative genomicsなので、Target proteinのmolecular phylogenetic treeが必要なことに気づき、昨日ひさしぶりにclustalwやらtree viewをいじった。

最初に、参照データとして他の動物の核酸配列をNCBI geneから集めてみると、最近、すごいたくさんの動物のゲノムがシーケンスされており、びっくりした。NGSのおかげだろうか。


ざっと上から出てきたのを並べると

Nasonia vitripennis: キョウソヤドリコバチ
Nomascus leucogenys: ホオジロテナガザル
Pongo abelii: スマトラオランウータン
Callithrix jacchus: コモンマーモセット
Macaca mulatta: アカゲザル
などなど。まあ、論文にはいらないんだけどね。




あと1つ実験を追加してうまくいけばFigureを増やして今年度中に投稿だ!!

0 Comments

Thu

07

Oct

2010

The state of the art

<Steve Jobs>

日本はわが国に死んで流れ着いた魚のようなものだ。
すでに発明されたものを手にして、完全に分かるまで研究する。
発明者本人よりもよく分かってしまう場合もある。
そうした理解の中から、彼らはもっと洗練された第二世代の製品を再発明する。
その戦術が功を奏するのは、ステレオ産業とか自動車といった、あまり変化しないものの場合だけだ。
標的がものすごいスピードで変わっていくものの場合には、彼らには難しい。
パーソナル・コンピュータとは何なのかの定義がくるくると変わり続ける限り、
彼らは非常に苦労するだろうと思うね。


でも研究の世界ではぼちぼち新たな発明が生まれてきていると思う。
自分もthe state of the artを目指して、独創的な発想をしないと。

0 Comments

Wed

06

Oct

2010

Accept !!

In vivo imaging of zebrafish retinal cells using fluorescent coumarin derivatives.

Watanabe K, Nishimura Y, Oka T, Nomoto T, Kon T, Shintou T, Hirano M, Shimada Y, Umemoto N, Kuroyanagi J, Wang Z, Zhang Z, Nishimura N, Miyazaki T, Imamura T, Tanaka T.

Abstract

BACKGROUND: The zebrafish visual system is a good research model because the zebrafish retina is very similar to that of humans in terms of the morphologies and functions. Studies of the retina have been facilitated by improvements in imaging techniques. In vitro techniques such as immunohistochemistry and in vivo imaging using transgenic zebrafish have been proven useful for visualizing specific subtypes of retinal cells. In contrast, in vivo imaging using organic fluorescent molecules such as fluorescent sphingolipids allows non-invasive staining and visualization of retinal cells en masse. However, these fluorescent molecules also localize to the interstitial fluid and stain whole larvae.

RESULTS: We screened fluorescent coumarin derivatives that might preferentially stain neuronal cells including retinal cells. We identified four coumarin derivatives that could be used for in vivo imaging of zebrafish retinal cells. The retinas of living zebrafish could be stained by simply immersing larvae in water containing 1μg/ml of a coumarin derivative for 30 min. By using confocal laser scanning microscopy, the lamination of the zebrafish retina was clearly visualized. Using these coumarin derivatives, we were able to assess the development of the zebrafish retina and the morphological abnormalities induced by genetic or chemical interventions. The coumarin derivatives were also suitable for counter-staining of transgenic zebrafish expressing fluorescent proteins in specific subtypes of retinal cells.

CONCLUSIONS: The coumarin derivatives identified in this study can stain zebrafish retinal cells in a relatively short time and at low concentrations, making them suitable for in vivo imaging of the zebrafish retina. Therefore, they will be useful tools in genetic and chemical screenings using zebrafish to identify genes and chemicals that may have crucial functions in the retina.

PMID: 20843315 [PubMed - in process]PMCID: PMC2945357Free PMC Article

6 Comments

Mon

04

Oct

2010

顔の前のハエ

これはハエではない
これはハエではない

午前中は学内共同研究の相手(よその大学院生の指導)。

午後一はボスの肝いりの技術開発系研究の実験。

そのあと新しい学部生(研究室研修)の実験技術(細胞培養)指導。

そして実験機器の修理に付き添っているとエアコンが故障して施設と交渉。

夕方から今日した実験データの解析およびノート記述。

そして分子生物学会(late-breaking)に自分の担当大学院生を発表させるか悩んで、
廃液処理を施設に依頼するか悩んで、
こないだ3日でrejectされた論文をどこに投稿させるか悩んで(Zebrafishというマニアックな雑誌にしました)、

帰宅。

顔の前のハエを追い払うので精一杯の1日でした。

0 Comments

Wed

09

Sep

2009

Reject !!

conceptが新しくない、ということで1週間で落とされました・・・

こんなこともあるね、うんうん。

がんばって書き直して、他の雑誌に投稿しよっと

5 Comments

Sat

22

Aug

2009

Accept !!

Synergistic induction of heme oxygenase-1 by nicaraven after subarachnoid
hemorrhage to prevent delayed cerebral vasospasm.

Shimada Y, Tsunoda H, Zang L, Hirano M, Oka T, Tanaka T.

Cerebral vasospasm remains a major cause of morbidity and mortality in patients
with subarachnoid hemorrhage. Heme oxigenase-1 (HO-1) is an oxidative
stress-inducible enzyme with multiple protective functions against vascular and
neurological diseases, including delayed cerebral vasospasm. In the present
study, intravenous administration (i.v.) of nicaraven (1mg/kg/min, for 2days
after subarachnoid hemorrhage) ameliorated delayed cerebral vasospasm in rat
subarachnoid hemorrhage models, marked synergistic induction of HO-1 protein
(>2.5 folds than 'subarachnoid hemorrhage with saline i.v.'), and elicited a
rapid increase of cGMP accumulation in the basilar arteries. In the sham-operated
rats, nicaraven could not induce HO-1 expression. Antisense HO-1
oligodeoxynucleotides abrogated this HO-1 induction and the antivasospastic
effect of nicaraven. In vitro study using Hela cells, nicaraven enhanced the
human HO-1 promoter (-4.5kbp) activity, which was pre-activated with the blood
component oxyhemoglobin to mimic the ability of subarachnoid hemorrhage. These
results suggest that this enhanced HO-1 expression through a combination of
pathological state and pharmacological agent could be an effective strategy to
improve the prognosis of heme- and oxidative stress-induced diseases, such as
delayed cerebral vasospasm.

8 Comments

Fri

14

Aug

2009

Accept !!

Zebrafish β-adrenergic receptor mRNA expression and control of pigmentation

 

Wang Z, Nishimura Y, Shimada Y, Umemoto N, Hirano M, Zang L, Oka T, Sakamoto C, Kuroyanagi J, Tanaka T.

Beta adrenergic receptors (beta-ARs) are members of the G-protein-coupled receptor superfamily and mediate various physiological processes in many species. The expression patterns and functions of beta-ARs in zebrafish are, however, largely unknown. We have identified zebrafish beta-AR orthologs, which we have designated as adrb1, adrb2a, adrb2b, adrb3a and adrb3b. adrb1 was found to be expressed in the heart and brain. Expression of adrb2a predominated in the brain and skin, whereas adrb2b was found to be highly expressed in muscle, pancreas and liver. Both adrb3a and adrb3b were exclusively expressed in blood. Knock-down of these beta-ARs by morpholino oligonucleotides revealed a functional importance of adrb2a in pigmentation. Expression of atp5a1 and atp5b, genes that encode subunits of F1F0-ATPase, which is known to be involved in pigmentation, was significantly increased by knock-down of adrb2a. Our data suggest that adrb2a may regulate pigmentation, partly by modulating F1F0-ATPase.

9 Comments